洋蔥主要病害是霜霉病、灰霉病、銹病和軟腐病，應及早防治。

    霜霉病和灰霉病　霜霉病主要危害洋蔥外葉和花梗，發病適宜溫度為10～20℃，4～5月或11～12月均可發病。病初感病植株外葉上出現長圓形或帶狀凹陷病斑，病斑中央深黃色，空氣濕度增大時病斑上有白色霜霉。氣溫較高時病株生長矮縮，葉片常從病斑處扭曲，最后全株枯死。灰霉病主要危害洋蔥葉片。病初葉片上產生白色小點，嚴重時小白點多達數百個，最后葉片出現灰色霉層，進而腐爛。防治洋蔥霜霉病和灰霉病的方法相似。農業措施：清理溝系，做到明水能排，暗水能濾；施用腐熟有機肥，增施磷鉀肥。化學措施：用多氧清（3%多抗霉素水劑）600～800倍液噴霧，隔7～10天噴一次，連續防治3～4次；或者用30%惡霉靈水劑1000～1500倍液灌根或噴霧；也可以用25%甲霜靈可濕性粉劑500倍液或75%百菌清可濕性粉劑800倍液噴霧。

    銹病　氣溫較低或肥力不足時洋蔥易感染銹病。病初在葉片和假莖上出現淺黃色橢圓形凸斑，后期病部表皮破裂，散出黃褐色鐵銹狀粉末。防治洋蔥銹病，可用15%三唑酮可濕性粉劑2000倍液或70%代森錳鋅可濕性粉劑1000倍液噴霧。同時，每畝用普K作物殺菌修復液20毫升加水40公斤噴霧。

    軟腐病　洋蔥軟腐病為細菌性病害，病菌從傷口侵入。病葉下部有乳白色斑點，葉尖先變黃，并向下延伸，葉鞘基部軟化腐爛，鱗莖呈水漬狀腐爛、有臭味，有的整株變黃枯死；也有從蔥頭頸部開始腐爛，以后蔓延至全株。農業措施：防治害蟲，減少傷口；拔除病株，用石灰或硫磺粉對病穴消毒。化學措施：每畝用普K作物殺菌修復液20毫升加水40公斤噴霧；或者在發病初期用90%新植霉素可濕性粉劑5000倍液噴施。