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瓠瓜疫病為鞭毛菌亞門真菌引起的病害，幼苗期、成株期均可發病，主要危害葉、莖、果實。苗期染病，莖、葉先出現水漬狀暗綠色圓形斑，中央逐漸變成紅褐色，近地面處縊縮或枯死。成株期葉片染病，初生暗綠色水浸狀圓形或不規則形病斑，并迅速擴展；濕度大時，病部腐爛或呈開水燙傷狀，干后變為淡褐色。莖染病，生紡錘形水浸狀暗綠色凹陷斑，包圍莖部且腐爛，最后全株枯死。果實染病，形成暗綠色圓形水浸狀凹陷斑，后擴展，致果實腐爛。
與西葫蘆疫病、甜瓜疫病、西瓜疫病等其他瓜類作物由鞭毛菌亞門真菌引起的疫病一樣，瓠瓜疫病的發生與高溫高濕或低溫高濕有很大關系。在保護地栽培條件下，灌水過多，或者密度過大、通風不良致濕度過大，特別是葉片等部位有水滴、水膜存在時，病害蔓延速度快。
防治該病，首先要采取延遲澆水、適當通風降濕等措施，控制棚內濕度。避免棚內溫度過高，但也要防止溫度過低引起寒害，加重病情。及時去除病枝、病葉、病株（剛發生病害的大棚，立即將病株消除；病情較重的大棚，至少將中心病株、重病株拔除），并帶出田外燒毀，病穴施藥或用生石灰進行封閉處理。藥劑防治主要使用大生等代森錳鋅制劑，也可以使用70%乙膦鋁·錳鋅可濕性粉劑500倍液、72.2%普力克水劑600-700倍液、58%甲霜·錳鋅可濕性粉劑500倍液、64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液、25%甲霜靈可濕性粉劑800倍液、40%福美雙可濕性粉劑800倍液等防治。
銅高尚（27.12%堿式硫酸銅懸浮劑，澳大利亞紐發姆有限公司產品，聯系電話：021-68554495、68551440）也是防治該病的有效藥劑，殺菌譜廣，病菌對該藥一般沒有抗性，可以在發病初期對地上部噴霧和噴淋灌根，主要用來保護健株不受侵染，防止病害蔓延。
也可以試用瑞士先正達作物保護有限公司（電話：010-85181500）的250克/升雙炔酰菌胺懸浮劑。雙炔酰菌胺對絕大多數由卵菌綱病毒引起的葉部病害有很好的防效。對處于萌發階段的孢子具有極高的活性，此外還可以抑制菌絲生長和孢子形成。對處于潛伏期的植物病害有較強的治療作用。由于葉表的蠟質層與該藥有很好的親和力，所以有非常好的持效性。
