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一、蘑菇褐腐病：又名蘑菇疣孢霉病、水泡病、白腐病等。是當前蘑菇栽培中為害最大的病害。除了為害蘑菇外，還可為害平菇、草菇、銀耳、靈芝等。該病在蘑菇不同發育階段發生表現癥狀不同，蘑菇開始扭結形成幼小菇蕾時（子實體未分化時）易受侵染，形成硬馬勃狀的不規則組織塊。上覆1層白色絨毛狀菌絲，以后變暗，最后變為暗褐色，從病組織中滲出暗褐色液滴。覆土下面的小菇蕾也可受感染，在覆土表面出現一些白色菌絲的小斑點。在菌柄和菌蓋分化之后感病，菌柄變成褐色。子實體發育末期，菌柄基部受感染產生淡褐色變色。發病嚴重時，第一批菇顆粒無收。
防治方法：1. 改變或破壞發病的條件，防止病害發生。疣孢霉孢子不耐高溫，將培養料進行2次發酵，可殺滅培養料中病原菌的孢子。掌握適當的播種期，使出菇期避開高溫的誘發而致病，菇房的溫度控制在15℃以下。開始發病時應立即停止噴水，加大通風，使菇床表面干燥，將溫度降至15℃以下。病區噴1%~2%甲醛溶液或噴50%多菌靈或70%甲基托布津500倍液。2. 覆土消毒。采用巴斯德滅菌法（60℃）處理1小時，或用40%甲醛消毒。3. 換土。發病嚴重時，去掉原有覆土，更換新土。4、防蟲。做好菇房內菇蚊、菇蠅的防治工作。
二、蘑菇病毒病：該病發生普遍，為害嚴重。受害程度與感染期有關。一般使用帶有病毒的菌種，則在蘑菇發育早期發病，對產量影響極大，甚至絕收。在蘑菇菌絲體生長期由帶有病毒的擔孢子降落在菇床上萌發而引起發病的，則第一潮菇生長正常，產量不受影響，隨后的幾潮菇，由于病菇逐批增多，產量逐批下降。子實體最明顯的癥狀是菌柄伸長，菌蓋很小，有的甚至菌蓋直徑不超過菌柄。有的菌蓋薄而平展，早開傘。發病的蘑菇菌柄上經常出現褐色斑，或條紋狀斑。菇柄內可擠壓出水。
防治方法：1、培育、使用無病毒菌種。2、覆蓋菇床。播種后用地膜或舊報紙覆蓋床面，以防帶毒孢子降落在培養料中，并定期（5~6天）用0.5%甲醛溶液噴灑，直至覆土時為止。3、搞好菇房清潔衛生。菇房使用前要徹底消毒。生產結束后，及時清除廢料，床架及用具要浸泡，洗刷曬干，并用1%碳酸鈉加2%五氯酚鈉混合液涂刷，后再用5%甲醛溶液噴灑菇房墻壁、地面及菇床，或用硫磺進行熏蒸。
三、平菇厲眼蕈蚊：屬雙翅目眼蕈蚊科。是為害平菇最普遍最嚴重的1種害蟲。以幼蟲為害平菇的菌絲體和子實體。嚴重時可將菌絲吃光。為害子實體時將菌柄蛀成空洞，將菌褶吃光。
防治方法：1. 搞好環境衛生，減少蟲源。安裝紗門、紗窗，防蟲入內。2. 利用成蟲趨光性，燈光誘殺。3. 嚴重時，于采菇后用1.8%愛福丁乳油2000~2500倍液，或90%敵百蟲1000倍液噴霧。
四、害螨：俗稱菌虱。主要為害蘑菇、草菇、平菇、鳳尾菇、銀耳、黑木耳等多種食用菌。害螨咬斷菌絲使不能萌發，也能咬嚙小菇蕾及成熟子實體。發生嚴重時，可將培養料內的菌絲全部食光，造成絕收。
防治方法：1. 把好菌種質量關。保證菌種不帶害螨。2. 使菇房與糧食、飼料、肥料倉庫保持一定距離。3. 培養料2次發酵。4. 用敵殺死加石灰粉混合后裝在紗袋中，抖散在菇床四周，或用1.8%愛福丁乳油2000倍液噴灑菇床四周。5. 誘殺。將沾有40%~50%敵敵畏的棉團放在菇床下，每隔67~83厘米處放置3團，呈品字形排列，并在菇床培養料上蓋1張塑料薄膜或濕紗布。當螨蟲集滿其上后，取下放在熱水中燙死。
