棚室生產的芹菜為淺根系蔬菜，吸水能力弱，對土壤水分要求嚴格，因此適宜有機質豐富、保水保肥能力強的黏堿土或沙壤土。缺少有機質，在易漏水肥的沙土、沙壤土栽培芹菜易產生空心現象。另外，芹菜對氮、磷、鉀的需求較大，生育初期和后期對氮的需要量都很大，初期需磷較多，后期需鉀較多。生育期缺氮易使細胞老化，最終導致葉柄產生空心現象。缺磷時芹菜幼苗瘦弱，葉柄干老，葉片無光澤。

據測定，每生產50公斤芹菜需氮20克、磷7克、鉀30克。另外，芹菜對硼的需要較強，缺硼時植株易發心腐病。根據芹菜的生育特點和需肥特性，其施肥技術為：

基肥：在施足有機肥的基礎上，畝施硝酸磷鉀肥15～20公斤。

追肥：蹲苗后追一次肥，畝追施硝酸磷肥20公斤，以后每隔20天用沖施的方法追硝酸磷肥20公斤，收獲前20天停止追肥。