蔬菜真菌病害非常多，同一病原物在不同的作物或在同一作物的不同生長發育時期或不同環境，其癥狀表現都會有所不同。相反，不同的病原物可能引起相同的癥狀。因此，單憑癥狀作出判斷，并不完全可靠，必須進一步鑒定病原生物，才能確認。

真菌可用直接鏡檢和保濕后鏡檢。直接鏡檢：用針挑取罹病組織表面霉層，置于滴有無菌水的載玻片上，用低倍顯微鏡觀察。保濕后鏡檢：切取罹病組織一小段，經表面消毒后，置于玻璃培養皿內保濕培養24小時，挑取霉層在顯微鏡下，觀察真菌有無，形狀大小，初步診斷是否為真菌病害。在保濕過程中，常有腐生菌伴生，需加以區別；有的病害表面不易見到孢子或子實體，雖經保濕培養也未能產生孢子的，需要進行專門分離培養。