香菇在采收前2～3天停止噴水，采收后的香菇及時晾曬或用35℃熱風脫水至含水量75％左右，整菇在1～5℃冷庫中預冷24小時，使菇體內外溫度均勻，降低鮮香菇的呼吸強度。需要剪柄的鮮菇，預冷24小時后在1～5℃環境中剪柄，然后分級裝筐，按菌蓋大小分級，依次為：L級，蓋徑>5.5厘米；M級，蓋徑4.5～5.5厘米；S級，蓋徑4.0～4.5厘米。

各等級鮮菇定量裝筐之后進行包裝貯運。包裝通常在外運前數小時進行。按商品規格要求將冷藏菇裝入聚乙烯袋，稱重并抽氣密封，裝入泡沫保鮮箱在低溫下（1～5℃）貯運。經過以上方法處理的新鮮香菇，在空氣相對濕度80％～85％、溫度1℃的條件下，可安全貯藏14～20天。

短距離銷售的冷藏菇出庫時，先在20℃下放置8～12小時，然后上市，以便縮小溫差，防止菇表結露。遠銷冷藏菇必須用冷鏈貯運，在超市置于低溫貨架銷售。