1、土壤鹽分積累：在保護地生產中，由于一次施用化肥太多，或連續大量施入化肥，作物吸收不完而將多余的肥料殘留在土壤中，導致土壤溶液濃度增加，日積月累，使土壤產生次生鹽漬化。

2、自害物資積累：根系生長過程中分泌的有毒有害物質得到積累，就會對其生長產生毒害作用。并在同種分泌物下，有些土壤微生物就可能大量繁衍，有些可能被抑制，解除了菌群和菌群之間的相互抑制作用，不利于土壤的熟化和肥料養分的分解，從而導致土壤性能惡化。

3、土傳病原菌積累：連作會使同種或同類蔬菜土傳病害的病原菌在土壤中越積越多，導致病蟲害加重，如枯萎病、霜霉病、葉霉病、灰霉病、根腐病等，從而使生產者只能加大藥量和頻繁用藥來控制，造成對環境和蔬菜的嚴重污染。

4、土壤中某些營養元素缺乏：由于蔬菜對土壤養分吸收的選擇性，單一茬口，易使土壤中礦質元素的平衡狀態遭到破壞，營養元素之間的拮抗作用受到影響，容易出現缺素癥狀，最終使生育受阻，產量和品質下降。

二、防止連作障害的途徑：

1、選用抗病品種：主要選用一些優質、高效、抗病品種。

2、清潔田園：田間雜草和殘體是一些病害的初次浸染來源，把初發病的葉片、果實或植株及時摘除或拔除集中燒毀或深埋。

3、淋水洗鹽：一年中選雨季，揭除頂膜，使土壤接受雨水的淋洗，將土壤中鹽分沖洗掉，必要時，可在棚室內灌水排鹽。

4、更換土壤：對于土壤鹽漬化嚴重，或土傳病害嚴重情況下，可采用更換客土的方法，一般苗床土壤采用此方法。

5、嚴格輪作：一般同類蔬菜要進行間隔2―4年種植，就是不同科蔬菜進行輪作。

6、采用嫁接換根栽培技術，是克服土傳病害的有效途徑。

7、無土栽培：無土栽培是從根本上解決連作障害的方法，有條件的地區和個人可以采用。

8、科學施肥：增施有機肥，提高土壤有機質含量和保水保肥性能；有機肥和化肥混合施用；氮磷鉀及微量元素合理配合。