1、袋料面出現白色絮狀氣生菌絲
　　原因：①菌袋含水量偏低，保濕發菌階段空氣溫度不足。②搔菌后，催蕾室內二氧化碳濃度偏高，通風不足，延長了營養生長向生殖生長轉化的時間。
　　措施：①調整培養基含水量。②增加保濕發菌階段空氣相對濕度，防止氣生菌絲生長過旺，形成菌膜。做好催蕾階段室內保溫與通風工作。
　　2、“搔菌”3天后，不見料面料恢復
　　原因：催蕾室小環境的空氣過于流通，菌袋料面覆蓋物未蓋嚴。
　　措施：集中處理，用冷開水連續2天內輕噴2--3次，使料面濕潤，噴水10分鐘后再覆蓋，保持覆蓋物與料面之間有較高的相對濕度。
　　3、菌袋料面呈黑色潮濕狀
　　原因：①直接將生水噴灑于料面。②薄膜水時間覆蓋料面，引起膜上冷凝水回滴，導致菌絲萎縮，料面變黑。
　　措施：用滅過菌的小刀挖去發黑部分培養料，重新保濕發菌。
　　4、菇蕾變色枯死
　　原因：在誘導出菇階段所分泌的小水珠未能及時風干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹沒，窒息而死。
　　措施：待料面出現細小水珠時，逐漸加大室內通風，使室內的小水珠風干，水珠顏色呈淡黃色，清亮為正常，若呈茶褐色或混濁時，視為已被細菌感染。
　　5、原基密密麻麻，有效菇稀稀拉拉
　　原因：主要是金針菇發育不同步所致，因為抑制開傘，片面提高二氧化碳濃度，過早地將菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或過早進行套袋，使大部分菇蕾因得不到足夠的氧氣供應而窒息。
　　措施：應根據不同季節，不同栽培環境，采取不同通風量的辦法來解決。在抑制階段要加大室內通風，讓長得高的菇蕾發白。春夏秋冬，雨天要加大室內空氣循環量，相對濕度保持80％--85％，宜采用豎直往復式升降扇，確保栽培架每一層空氣均能充分流動。
　　6、出現菌蓋相連，菇柄扁平的“連體菇”
　　原因：菇房內換氣不充分，以及菌絲未達到生理成熟，培養基過干、菌種老化等原因均會導致“連體菇”的產生。
　　措施：以簡易二氧化碳測定儀監測基房內子實體不同發育階段二氧化碳的含量；子實體發育過程中光強應低于200Lx，每日受光2小時，分數次進行。
　　7、菇蕾粗細不一
　　原因：幼蕾抑制失敗。
　　措施：在催蕾過程中要經常疏蕾，將特別粗壯的菇蕾拔棄。
　　8、“水菇”
　　原因：菇房內空氣相對濕度較高。
　　措施：盡可能地降低菇房內的空氣相對濕度。用豎直往復或升降風扇或180°轉頭電風扇吹，強制對流。調整好進排氣量的比例，補進的新鮮空氣應預冷排濕。采收前兩天要加大空氣對流量。
　　9、菇蕾發育過程易開傘
　　原因：①菌袋質量。若菌絲稀拉，裝料不緊，即使出菇，也易開傘。②栽培管理過程中溫度、濕度、氧氣、光照不協調。
　　措施：菌袋培養過程中要加強空氣循環，防止發菌階段產生的熱量無法散發，同時檢查培養料含水量是否低于50％或高于70％，并檢查菌袋滅菌是否徹底，三級種是否受到隱性污染。后兩種可將三級種和未接種的栽培袋在無菌條件下回接入PDA培養基內，觀察是否出現污染。
　　10、雜菌污染
　　原因：菇房周圍及栽培場地、栽培架等沒有消毒或消毒不徹底。
　　措施：10．1菇房要認真消毒。消毒方法有兩種：一是用福爾馬林熏蒸，即每立方米空間用10毫升福爾馬林與5克高錳酸鉀混合熏蒸，密閉4小時，能達到消毒目的。二是用硫酸銅溶液噴灑，將硫酸銅配成5％的溶液。對菇房內外，栽培床架等物要全面噴灑。
　　10．2菇架的消毒。如果菇架是用松木做的，易發生綠色木毒，要用硫酸銅溶液消毒。為了預防曲毒，青毒等雜菌，要用高效漂白粉進行徹底消毒，稀釋濃度為100倍，靜止1--3小時，取其上清液全面噴灑即可。
　　10．3消除污染物。對被雜菌污染的瓶、袋要及時拿出室外或遠離栽培處。否則雜菌孢子會擴散到整個菇房或場地。
　　10．4化學防治。一旦菌害發生，可采取在水中加入漂白粉、土霉素等，將病原菌消除。不可在菇體上噴灑對人體有害的農藥。