秋季是果樹追施基肥的最佳時節，但有些果農在施基肥時卻施用未腐熟的有機肥，造成了很多隱患。

1.灼傷根系。農家肥大多來源于動物糞便。這些有機肥未腐熟時其養分狀態是緩效性的，不能被果樹根系直接吸收和利用，如果將其施入，在地下腐熟過程中，易產生熱量，造成根部灼傷(俗稱“燒根”)，引發根腐病。

2.營養釋放與樹體需肥不同步。秋季施入未經腐熟的有機肥，由于土壤溫度低，在地下腐熟需要較長時間。第二年春季，樹體需要大量的營養物質，而緩慢腐熟的有機肥所釋放出的營養根本無法滿足樹體的需要。同時，在腐熟過程中微生物還會消耗掉一部分果樹根系土壤中原有的營養元素(如氮肥)。這樣在春季樹體往往表現營養不良。而進入夏秋季后，雨量增加，地溫快速上升，有機肥腐熟速度明顯加快，釋放出的有機營養物質增多。這樣會導致樹體生長加快，大量冒條，果實著色不良，營養生長過剩，花芽分化能力差。有人曾經對施入生糞的果園掘土調查，發現3年后仍有部分生糞處在原來狀態。

3.招引地下越冬的害蟲。未經腐熟的有機肥由于含有大量的動物性有機質，因而成為許多果樹害蟲的理想越冬場所，特別容易招引為害果樹的金龜子(蠐螬)、桃小食心蟲、尺蠖、舟形毛蟲、梨花網蝽等，對蟲害防治極為不利。