藍藻大量繁殖時，出現缺氧或者亞缺氧狀態，引起河蟹及其他水產養殖動物發病甚至死亡。下面介紹降低蟹池藍藻危害的幾種方法。

物理方法：面積較小的池塘，可于有風天氣在池下撈除部分藍藻。

化學方法：降低池水pH值。可以采用有機酸和降堿靈降低池水的pH值到7—7.5。降低pH值應循序漸進，以防對河蟹及其他水產養殖動物造成危害。在晴天池塘的下風處，用適量硫酸銅、硫酸亞鐵合劑或絡合銅制劑直接潑灑在池邊的藍藻藻團上，可以有效殺滅部分藍藻（注意：藥物潑灑面積不能超過池塘面積的1/4，潑灑當天池塘要注意增氧）。

生物方法：放養部分鰱鳙魚、螺螄可減輕水體富營養化，從而控制藍藻繁殖，也可放養部分羅非魚，羅非魚可直接攝食利用藍藻。雨后對水體施用一定量的水質改良劑，并補充一定量的生物復合肥（500克/畝），可使水體中的有益藻類在短時間內恢復繁殖與生長，抑制藍藻繁殖。在水質改良劑潑灑前3小時要進行增氧。在養殖水體中移植一定量的風眼蓮、滿江紅、水花生等水生高等植物，通過高等水生植物控制水體中的氮、磷含量，抑制藍藻的大量繁殖。