配合飼料在貯藏期間因水分、溫度、濕度、蟲害、鼠害、微生物等因素而受損，因此要采取相應的措施以避免其危害。

控制水分和濕度 配合飼料的水分含量一般要求在12%以下，如果將水分含量控制在10%以下，則任何微生物都不能生長；配合飼料的水分含量大于12%，或空氣濕度大，配合飼料會返潮，在常溫下易發霉。因此，配合飼料在貯藏期間必須保持干燥，包裝要用雙層袋，內用不透氣的塑料袋，外用編織袋包裝。貯藏倉庫應干燥、通風。倉內堆放，一般在地面上鋪一層經過清潔消毒的稻殼、麥麩或秸稈，再在上面鋪上草席或竹席，然后方可堆放配合飼料。

防止蟲害和鼠害 在適宜溫度下，害蟲大量繁殖，消耗飼料和氧氣，產生二氧化碳和水，同時放出熱量，在害蟲集中區域溫度可達45℃，所產生之水氣凝集于配合飼料表層，而使其結塊、生霉，導致嚴重變質，如果溫度過高，也可能導致自燃。鼠類嚙吃飼料，破壞倉房，傳染病菌，污染飼料，是危害較大的動物。為避免蟲害和鼠害，在貯藏飼料前，應徹底清掃倉庫內壁、夾縫及死角，堵塞墻角漏洞，并進行密封熏蒸處理。

限制溫度 溫度對貯藏飼料的影響較大，溫度低于10℃時，霉菌生長緩慢，高于30℃則生長迅速，使飼料質量迅速變壞；飼料中的不飽和脂肪酸在溫度高、濕度大的情況下，也容易氧化變質。因此配合飼料應貯于低溫通風處。庫房應具有防熱性能，防止日光輻射熱之透入，倉頂要加刷隔熱層；墻壁涂成白色，以減少吸熱；倉庫周圍可種樹遮陽，縮短日曬時間。