稻種有稃殼保護，比較耐貯藏，只要做好適時收獲，及時干燥，控制種溫和水分，注意防蟲等工作，一般可達到安全貯藏的目的。
    (一)適時收獲，及時干燥，冷卻入庫，防止混雜
    稻種成熟階段正是農忙季節，有時因為工作安排上的困難，或沒有掌握品種成熟特性將種子過早或過遲收獲。過早收獲的種子成熟度差，瘦癟粒多不耐貯藏。過遲收獲的種子，在田間日曬夜露呼吸作用消耗物質多，有時種子會在穗上發芽，這樣的種子同樣不耐貯藏。所以，收獲時必須充分了解品種的成熟特性，適時收獲。
    未經干燥的稻種堆放時間不宜過長，否則容易引起發熱或萌動甚至發芽以致影響種子的貯藏品質。一般在早晨收獲的稻種，即使是晴朗天氣由于受朝露影響，種子水分可達28％～30％，午后收獲的稻種在25％左右。種子脫粒后，立即進行曝曬，只要在平均種溫能達到40℃以上的烈日下，經過2～3d曝曬即可達到安全水分標準。曝曬時如陽光強烈，要多加翻動，以防受熱不勻，發生爆腰現象，水泥曬場尤應注意這一問題。早晨出曬不宜過早，事先還應預熱場地，否則由于場地與受熱種子溫差大發生水分轉移，影響干燥效果。這種情況對于攤曬過厚的種子更為明顯。機械烘干溫度不能過高，防止灼傷種子。
    如果遇到陰雨天氣，應采用薄攤勤翻，鼓風去濕，加溫干燥，藥物拌種等方法盡快地將種子水分降下來。加溫干燥的種溫不宜超過43℃，否則會影響種子發芽力。藥物拌種是一種應急措施，將藥物拌入濕種子內可抑制種子的呼吸作用，在短期內能預防種子發熱和生霉。據華南植物研究所試驗，含水量為28％的秈稻種子5 000kg均勻拌入丙酸4kg，在通氣條件下可保存6d。在6d之內能將種子干燥，基本上不影響發芽率。用0.5kg漂白粉拌在500kg稻種內，有同樣效果。如果用在其他種子上，要適當降低藥量或經過試驗。
    經過高溫曝曬或加溫干燥的種子，應待冷卻后才能人庫。否則，種子堆內部溫度過高會發生“干熱”現象，時間過長引起種子內部物質變性而影響發芽率。熱種子遇到冷地面還可能引起結露。
    水稻種子品種繁多，有時在一塊曬場上同時要曬幾個品種，如稍有疏忽，容易造成品種混雜。因此種子在出曬前，必須清理曬場，掃除垃圾和異品種種子。出曬后，應在場地上標明品種名稱，以防差錯。入庫時要按品種有次序地分別堆放。
    (二)控制種子水分和溫度
    水稻種子水分含量的多少是直接關系到稻種在貯藏期內的安危狀況。據試驗證明，種子水分降低到6％左右，溫度在0℃左右，可以長期貯藏而不影響發芽率。水分為13％的稻種可安全度過高溫夏季。水分超過14％的稻種，到第2年 6月份發芽率會有下降，到9月份則降至40％以下，而水分為12％以下的稻種，可保存3年，發芽率仍有80％以上。水分在15％以上，貯藏到翌年8月份以后，種子發芽率幾乎全部喪失。然而稻種水分對發芽率的影響，往往與貯藏溫度密切相關。貯藏溫度在20℃，水分10％的稻種保存5年，發芽率仍在90％以上。溫度在28℃，水分為15.6％～16.5％的稻種，貯藏1個月便生霉。因此，種子水分應根據貯藏溫度不同加以控制。在生產上，一般對早稻種子的入庫水分應掌握嚴一些。這是因為早稻種子須經過高溫的夏季，而且曝曬條件較好，種子容易降低水分。對晚稻種子，尤其是晚粳稻種子的入庫水分，可適當放寬一些。這是根據晚稻種子入庫時氣溫較低，干燥條件比較困難，粳稻種子又不易降低水分等具體情況而放寬的。但是種子水分不能放得過寬，以免發熱和生霉。晚稻種子的水分，一般不能超過15％，而且還須在晴朗天氣進行翻曬降水。總之，須經過高溫季節的稻種，水分必須控制嚴格一些，進入低溫季節的稻種，水分可適當放寬一些。通常是溫度為30～35℃時，種子水分應掌握在13％以下；溫度在20～25℃，種子水分應掌握在14％以內；溫度在10～15℃，水分可放寬到15％～16％；溫度在 5℃以下，水分則可放寬到17％。但是，16％～17％水分的稻種只能作暫時貯藏，應抓緊時間進行翻曬降水，以防高水分種子在低溫條件下發生霉變。
    (三)治蟲防霉
    1. 治蟲  我國產稻地區的特點是高溫多濕，倉蟲容易滋生。倉蟲通常在稻谷人倉前已經感染種子，如貯藏期間條件適宜，就迅速大量繁殖，造成極大損害。倉蟲對稻谷危害的嚴重性，一方面決定于倉蟲的破壞性，同時也隨倉蟲繁殖力的強弱而不同。一般情況下，每千克稻谷中有玉米象20頭以上時，就能引起種溫上升，每千克內超過50頭時，種溫上升更為明顯。單純由于倉蟲危害而引起的發熱，種溫一般不超過35℃，由于谷蠹危害而引起的發熱，則種溫可高達42℃。水稻種子主要的害蟲有玉米象、米象、谷蠹、麥蛾、谷盜等。
    倉蟲大量繁殖，除引起貯藏稻谷的發熱外，還能剝蝕稻谷的皮層和胚部，使稻谷完全失去種用價值，同時降低酶的活性和維生素含量，并使蛋白質及其他有機營養物質遭受嚴重損耗。
    倉內害蟲可用藥劑熏殺。目前常用的殺蟲藥劑有磷化鋁，另外，還可用防蟲磷防護。具體用法和用量參見本書第四章“種子倉庫害蟲及其防治”。
    2．防霉  種子上寄附的微生物種類較多，但是危害貯藏種子的主要是真菌中的曲霉和青霉。溫度降至18℃時，大多數霉菌的活動才會受到抑制；只有當相對濕度低于65％，種子水分低于13．5％時，霉菌才會受到抑制。霉菌對空氣的要求不一，有好氣性和嫌氣性等不同類型。雖然采用密閉貯藏法對抑制好氣性霉菌能有一定效果，但對能在缺氧條件下生長活動的霉菌如白曲霉、毛霉之類則無效。所以密閉貯藏必須在稻谷充分干燥、空氣相對濕度較低的前提下，才能起到抑制霉菌的作用。
    (四)稻種入庫后的管理重點
    1．做好早稻種子的降溫工作  新入庫的早稻種子種溫較高，生理活動較強，所以它的貯藏前期穩定性較差。稻種入庫一般又在立秋以后，白天氣溫較高，夜間氣溫下降，形成明顯的晝夜溫差，影響到倉溫和上層種子，以至造成上層種子增加水分。因此，在入庫后的2～3周內須加強檢查，并做好通風降溫工作。在傍晚打開門窗通風，經常翻動面層種子，以利散發堆內熱量。
    2．做好晚稻種子的降水工作  晚稻種子的干燥受氣候條件限制，入庫后已進入冬季低溫階段，所以一般對種子入庫水分要求不是十分嚴格。由于種子水分偏高，引起某些低溫性霉菌的危害以至影響發芽率，這是造成晚稻種子發芽率下降的主要原因。因此，晚稻種子入庫時同樣要嚴格控制水分，超過16％水分的種子不能入庫貯藏。即使已經入庫的種子必須做好降水工作，把水分降到13％以內。水分超過15％的晚稻種子應在2～3周內設法將水分降低，否則在第2年播種時，難以保證應有的發芽率。
    3．做好“春防面，夏防底”的工作  “春防面，夏防底”是指春季要預防面層種子結露，夏季要預防底層種子霉爛。經過冬季貯藏的稻種，溫度已經降得較低，由于種子本身導熱性較差，使這種低溫要延續很長一段時間。當春季氣溫回升時，種溫與氣溫形成較大的溫差，如果暖空氣接觸到冷種子，便會在表層種子發生結露，使這層種子增加水分，并且會逐漸向下延伸。種堆越大，上層的結露現象越是明顯。所以，開春前要做好門窗密閉工作，盡可能預防潮濕的暖空氣進入倉內。對于水分低于13％，溫度又在15℃以下的稻種，可采用壓蓋密閉法貯藏，既可預防上層種子結露，又可延長低溫時間，有利于稻種安全過夏。到了夏季，地坪和底層溫度還低，濕熱擴散現象使底層稻種水分升高，易使底層種子霉爛。
    (五)稻種少量貯藏
    對于數量不多，只有幾十千克到幾百千克的稻種，可以采用干燥劑密閉貯藏法。通常用的干燥劑有生石灰、氯化鈣、硅膠等。氯化鈣、硅膠的價格較貴，但吸濕后可以烘干再用。生石灰較經濟，適用于廣大專業戶。種子存放前須選擇小口，內外涂釉的缸、壇、甕，經檢查確實無縫、不漏氣、不滲水的才能使用。先在存器底層鋪上生石灰，再裝人種子，然后封口(不能漏氣)并放在陰涼處，可延長種子壽命數年。據江蘇省興化縣稻麥良種場試驗，用秈、粳、糯三種類型共8個品種的稻種作貯藏，上層和底層各放生石灰50kg，中間放稻種100kg，再用四層塑料薄膜封口。經3年貯藏種子水分由原來的12.6％～14.6％降低到4.3％～5.8％，發芽率則由原來的82.0％～97.5％增加到91％～99％。而采用塑料袋貯藏的稻種，則全部喪失發芽率。
    干燥劑密封貯藏，不僅適用于水稻種子，也適用于其他種子，但是對于大豆、油料種子，放生石灰的數量要適當，否則，種子干燥過度反而會影響發芽率。