1、貯藏前（入窖前10—15天）的管理：紅苕收獲后體內水分含量較高，加之在田間病菌的侵入，容易發生各種病害，造成貯藏期爛窖，因此做好貯藏前的防病措施，具有十分重要的意義。紅苕收獲后10—15天，挑選無病、蟲、傷的苕塊，用40％的多菌靈可濕性粉劑800倍液或甲基托布津可濕性粉劑1000倍液處理，以苕塊全部被浸為準，淋去多余水，待苕皮晾干后入窖。

2、貯藏初期（入窖至入窖后30天）的管理：因為紅苕呼吸強度大，若窖內溫度高、濕度大，極易發芽、糠心。所以，此時應以通風、降溫、散濕為主，降溫控制在15℃以下，以12～13℃為宜。由于溫度高、濕度大，常發生“發汗”現象，使苕堆表面苕塊造成濕害。在苕堆表面覆蓋一層干草可防止濕害。窖內濕度應保持在85％左右。

3、貯藏中期（入窯后30天至立春前后）的管理：這個階段氣溫低，易受冷害。要以保溫、防害、防濕為中心，將窖溫控制在12—14℃，不低于10℃，相對濕度應保持在90—95％。苕堆蓋草、圍草的保溫效果較好。

4、貯藏后期（立春至出窖前）的管理：此時氣溫逐漸回升，但常有寒流，紅苕呼吸作用微弱，抵抗不良環境的能力較弱。管理時要以穩定窖溫、加強通風換氣為主。注意天氣變化，保持窖溫12℃，相對濕度不低于80％。爛窖如果發生在堆內，不易貯藏，此時不可倒窖，應及早處理全窖；爛在堆表面，可及早將腐爛苕取出。