細菌鑒定是指將分離培養(yǎng)獲得的病原菌,通過純化培養(yǎng)使其達到不含有其他微生物的純培養(yǎng)程度,繼而進行系統(tǒng)鑒定。而菌種保藏機構(gòu)在收集一些已經(jīng)凍干的菌種時,應(yīng)在開啟后經(jīng)過兩代的適應(yīng)性培養(yǎng)方可進行復(fù)核性的系統(tǒng)鑒定。系統(tǒng)鑒定是通過細菌的形態(tài)結(jié)構(gòu)、生長特性、抗原性、病原性以及目前流行的核酸測定方法等檢測,并用已知標(biāo)準(zhǔn)免疫血清確定分離細菌的屬、種和型(群).目前菌種保藏機構(gòu)通常使用的細菌鑒定方法大致有以下幾種：

傳統(tǒng)方法

常規(guī)宏觀菌落形態(tài)學(xué)觀察,主要觀察菌落在其適合的培養(yǎng)基上的生長狀況:細菌在固體培養(yǎng)基上的生長形態(tài)、大小、顏色是否均勻一致,菌落個體表面及邊緣的生長狀況;在液體培養(yǎng)基上的渾濁狀況、沉淀狀況、液面菌膜狀況;半固體上穿刺接種后,觀察細菌是否沿著接種線生長以及其生長狀態(tài)是呈毛刷樣生長還是均勻生長,上下生長是否一致.在鑒別培養(yǎng)基上培養(yǎng),觀察結(jié)果是否跟預(yù)期結(jié)果相同。

細菌的個體形態(tài)學(xué)觀察,即通過顯微鏡觀察.觀察前細菌需要著色,要根據(jù)預(yù)先確定的觀察項目選擇與之相對應(yīng)的染色方法,目前常用的染色方法包括革蘭氏染色法、美藍染色法、Ziehl—Neelsen染色法、姬姆薩染色法、鞭毛染色法、芽胞染色法等.盡量挑選對數(shù)生長期的細菌進行染色觀察,此時的細菌生長處于幼期,利于觀察,因為一些陳舊細菌的染色結(jié)果會有變化,如本為革蘭氏陽性菌經(jīng)過長期擱置后染色結(jié)果可能為革蘭氏陰性.同時細菌培養(yǎng)時要注意培養(yǎng)基的挑選,一些細菌的特殊結(jié)構(gòu)如莢膜、鞭毛、菌毛、芽胞等,其表達是需要在特定的培養(yǎng)基上才能正常發(fā)育,有的細菌如炭疽在一般的培養(yǎng)基上不形成莢膜,只在動物體內(nèi)形成明顯的莢膜,所以需先接種實驗動物后用病料進行涂片鏡檢.在鏡檢時觀察細菌基本形態(tài)結(jié)構(gòu)和大小及其排列狀態(tài)、菌端形狀、有無兩極染色、有無形成芽胞和莢胞等。

形態(tài)學(xué)鑒定輔以生化試驗在細菌鑒定中具有重要的意義,生化試驗是根據(jù)細菌培養(yǎng)過程中不同菌種所產(chǎn)生的新陳代謝產(chǎn)物各異,表現(xiàn)出不同的生長特性.通過生物化學(xué)的方法來檢測這些物質(zhì)的存在與否,從而能夠得到細菌的鑒定結(jié)果.如糖(醇)類代謝試驗、氨基酸和蛋白質(zhì)代謝試驗、有機酸鹽和胺鹽利用試驗、呼吸酶類試驗、毒性酶類試驗等。

血清型鑒定是根據(jù)細菌具有相對特異性的抗原結(jié)構(gòu)這個特點進行微生物鑒定的特異方法.抗原的特異性程度又存在于屬間細菌所共有的共同抗原,這種抗原的存在,能表明其屬性。另一類特異性抗原只存在于特定的種、型,是確定細菌種、型的重要依據(jù)，通過專門的分型血清即可對這些細菌的血清型進行鑒定。

細菌毒力的測定,病原菌侵入機體能否引起疾病與其本身的毒力、侵入機體的數(shù)量和侵入部位有關(guān).不同的病原菌或同種細菌不同的型或株,毒力常不一致.常用LD50或ID50表示毒力,即在一定時間內(nèi),能使一定條件的某種動物半數(shù)死亡或感染需要的最小細菌數(shù)或毒素量.毒力測定在菌種鑒定過程中可用于鑒別一些有代表性的菌株.LD50可用Reed—Muench公式進行計算。

儀器自動化鑒定

隨著儀器分析技術(shù)的進步和計算機的廣泛應(yīng)用,微生物菌種鑒定逐漸由傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)觀察和人工生理生化實驗鑒定發(fā)展進入了基于儀器自動化分析的鑒定系統(tǒng)階段。近年來,一系列自動鑒定系統(tǒng)相繼推出,并在應(yīng)用中取得理想效果,如VITEK系統(tǒng)、MIDl系統(tǒng)、BIOLOG系統(tǒng)、SENSITl.TRE系統(tǒng)、AUTOSCEPTOR系統(tǒng)以及MICROSCAN系統(tǒng)等。

以BIOLOG微生物鑒定系統(tǒng)為例,簡述微生物自動鑒定系統(tǒng)的工作原理：BIOLOG微生物自動分析系統(tǒng)是一套微生物鑒定系統(tǒng),該系統(tǒng)主要根據(jù)細菌對糖、醇、酸、醋、胺和大分子聚合物等95種碳源的利用情況進行鑒定.細菌利用碳源進行呼吸時,會將四哇類氧化還原染色劑(TV)從無色還原成紫色,從而在鑒定微平板(96孔板)上形成該菌株特征性的反應(yīng)模式或“指紋圖譜”,通過纖維光學(xué)讀取設(shè)備——讀數(shù)儀來讀取顏色變化(分為“自動”和“人工”兩種讀取方式),由計算機通過概率最大模擬法將該反應(yīng)模式或“指紋圖譜”與數(shù)據(jù)庫相比較,可以在瞬間得到鑒定結(jié)果,確定所分析的菌株的屬名或種名.以BIOLOG系統(tǒng)6.01版數(shù)據(jù)庫為例,包含了革蘭氏陰性好氧菌524種、革蘭氏陽性好氣菌341種、厭氧菌361種、酵母菌267種、絲狀真菌(含部分酵母菌)619種以及幾種特殊的致病菌,目前這個數(shù)據(jù)庫已進行更新.利用微生物快速系統(tǒng)進行細菌鑒定,能節(jié)省時間,但由于其在數(shù)據(jù)比對過程中記入一些非特異性的陽性反應(yīng)孔,會造成偶然誤差,從而引起個別鑒定結(jié)果不穩(wěn)定,另外此類儀器本身及其耗材價格均較高。

分子生物學(xué)鑒定

分子生物學(xué)鑒定目前比較流行的主要是核酸檢測技術(shù),包括基因測序、指紋圖譜技術(shù)、基因探針技術(shù)、聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)、GC含量測定等.PCR和核酸雜交單獨或結(jié)合在儀器已經(jīng)形成比較經(jīng)典的核酸檢測技術(shù),目前這兩者已經(jīng)得到了較大范圍的推廣和應(yīng)用。

核酸檢測技術(shù)原理

DNA的G+C含量測定法

這種方法是根據(jù)細菌的DNA中G+C含量的特異性來進行細菌鑒定,通過熔解溫度(Tm)法或浮力密度法測定細菌DNA中G+C的含量,通過對比來鑒定細菌。

16S rRNA鑒定

細菌的核糖體RNA(rRNA)基因高度保守且進化速度緩慢,在漫長的進化過程中保留了rRNA基因結(jié)構(gòu)和功能的同源性,在微生物染色體上可存在多個拷貝,以rRNA基因片段為探針可檢出含有rRNA基因的DNA片段.分析雜交后得到的rRNA指紋圖,為菌種定型和近緣菌株的鑒定提供了一種新技術(shù).針對rRNA基因的核糖體分型可成功地區(qū)分多個菌種的相關(guān)菌株,因此該技術(shù)也被廣泛稱作核糖體分型技術(shù).原核生物含有23S、16S和5S三種 rRNA,其大小分別約為3000、1500和120個堿基.其中作為小亞單位核糖體RNA的16S rRNA的大小最適合于核糖體分型.一般完成l6S rRNA序列測定后,在GenBank中與已知的序列進行BLAST分析,從而得出鑒定結(jié)果。

擴增片段長度多態(tài)性(AFLP)分析

這是一種測定基因組限制性片段的DNA指紋技術(shù),通過PCR選擇性地擴增整個基因組DNA的內(nèi)切酶片段,在分辨率高的聚丙烯酰氨凝膠上電泳,產(chǎn)生一組特異的DNA限制性片段的指紋圖譜.與其他DNA指紋技術(shù)相比有其獨特的優(yōu)點:可用于各種大小不同的基因組的指紋分析,為研究細菌屬乃至株間的親緣關(guān)系提供一個有效手段;具有一定的靈活性,可通過特異性PCR引物的設(shè)計和內(nèi)切酶組合的選擇,調(diào)整AFLP圖譜中限制性片段的適宜數(shù)目;由于適用了嚴(yán)格的PCR條件和高分辨率的聚丙烯酰氨凝膠電泳,因而重復(fù)性好,分辨率高;AFLP不僅僅是簡單的指紋技術(shù),而且可作為連接遺傳圖譜與物理圖譜間的橋梁而用于基因組的研究。

限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)分析

原理是用限制性內(nèi)切酶將細菌基因組DNA進行切割,之后在瓊脂糖凝膠上電泳分離,以顯示不同種群基因組DNA的限制性片段長度多態(tài)性.RFLP產(chǎn)生的指紋圖譜更適用于細菌種間及種內(nèi)株間的分型鑒定。

隨機擴增DNA多態(tài)性(RAPD)分析,又稱為隨意引物PCR(AP—PCR)

它是一種DNA指紋多態(tài)性分析技術(shù),其理論依據(jù)是不同的基因組中與隨意引物匹配的堿基序列的位點和數(shù)目可能不同,因而用一組人為設(shè)計的核苷酸作為引物,通過PCR隨機擴增可產(chǎn)生物種特異性的DNA帶譜。