免疫系統(immune system)是一個復雜而高度發展的體系。它的任務是簡單的：去搜索和殺死入侵者。如果一個人出生時帶有嚴重的免疫缺陷系統，易發生病毒、細菌、霉箘、或寄生蟲感染而死亡。在嚴重的復合免疫缺陷中，酶的缺少意味著毒素廢物侵入免疫系統(immune system)細胞內殺死免疫細胞，這樣便摧毀免疫系統(immune system)。免疫系統(immune system)細胞的缺乏還是迪喬治綜合癥的基礎，胸腺的不確當的發展，既起因于過量的免疫應答又起因于一種“自動免疫進攻”（autoimmuneattack）。哮喘、家屬性地中海熱、和局限性回腸（腸炎病）全部起因于免系統的過量反應，而自動免疫多腺綜合癥和一部分糖尿病是由於免疫系統(immune system)進攻了“自身”細胞和分子。當不能區分敵我時，免疫系統(immune system)的一個重要作用是區分入侵細胞還是自身細胞應引起自動免疫疾病疫。