3.內(nèi)標（Internal Control，IC）

內(nèi)標是指在同一反應管中與靶序列共同擴增的一段非靶序列分子。內(nèi)標有兩種形式，一種是使用天然樣品中含有的內(nèi)參基因作為內(nèi)標，另一種是人工添加的內(nèi)標。內(nèi)標的最大特點是與靶序列共同擴增，而其他的對照都是獨立擴增。

3.1 內(nèi)參基因

通常它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測基因的表達水平變化時常用它來做參照物。內(nèi)參基因通常是持家基因（house-keeping gene）因為其表達水平受環(huán)境因素影響較小，而且在個體各個生長階段的幾乎全部組織中持續(xù)表達變化很小。常用的內(nèi)參基因包括GAPDH、β-actin(BETA-actin)、18sRNA、B2M、HPRT和TBP等。

內(nèi)參基因的優(yōu)點是與樣品中的靶基因經(jīng)歷全相同的處理程序，可以監(jiān)控采樣，運輸，核酸提取和擴增的全部過程。缺點是不同物種，不同生理狀態(tài)下，不同組織中的內(nèi)參基因存在一定的差異。如果樣品類型是口腔液，咽拭子等樣品，內(nèi)參基因的量很低可能導致實驗不成立。如果檢測的是環(huán)境樣品則內(nèi)參基因可能全失效。

3.2人工內(nèi)標

添加一種不會干擾靶序列擴增的人工合成的內(nèi)標。現(xiàn)在國外的診斷試劑盒大部分都會將內(nèi)標直接添加在反應液中與模板一起擴增，但是這樣的內(nèi)標不能監(jiān)控采樣，運輸和核酸提取的過程。

還有另一種形式的內(nèi)標，使用人工合成的假病毒，在核酸提取前在每一份樣品中加入等量的內(nèi)標，這樣就可以監(jiān)控樣品的提取到擴增的過程。但是由于是人工添加到樣品中，仍然不能監(jiān)控胞內(nèi)細菌病毒的釋放情況。