數碼顯微鏡為了要電子束在樣品表面上掃描，必須在顯微鏡區以外的無場空間中，使用附加的掃描線圈，在線圈中通以電流從而使原來沿直線行進的電子軌跡發生偏轉.顯微鏡如果把光軸方向稱為Z軸，則數碼顯微鏡狀掃描就是指電子束既有X方向的掃描(行掃)，又有y方向的掃描(禎掃).根據Lorentz力的原理可知，橫向磁場H，顯微鏡可使縱向運行的電子束受到X方向的偏轉，而另一種橫向磁場H二可引起電子束的Y方向偏轉。如果掃描線圈中的電流呈鋸齒波形式。則顯微鏡的偏轉It將從零開始逐漸加大，至某一定值后又立刻回到原來的零位移。鋸齒波的周期T對應于一次行掃或偵掃。顯微鏡行掃周期Tn比幀掃周期TV小得多。兩者的比值決定了電子束在樣品上掃描的一幀中所包含的行數，也稱為掃描光柵的線數N，N=T,MIT行.因為掃描電鏡中采用的工作距離很小，故掃描線圈只能放在末透鏡的物方空間，即讓電子束進入該透鏡場區之前;先受到橫向偏轉。為了使沿軸射來的數碼顯微鏡都能參與成像，而不致被偏轉一次就打到鏡筒壁或其他組件上.所以電鏡中應該采用上、下兩組掃描線圈(每組均包括X和Y偏轉的二個線圈)，使數碼顯微鏡偏轉兩次后在末光闌孔中心處與光軸相交，并進入透鏡場區。

　　

　　前面已經提到:偏光顯微鏡樣品上電子束的掃描與顯像管中電子束的掃描嚴格同步。所以顯像管熒光屏上的圖樣是徉品被掃描區的放大像。顯微鏡設顯像管熒光屏的寬度為B。它是固定值(如B=10cm)油代表樣品上被掃區的寬度，則掃描像的放大倍數為:它基本上取決于顯像管中偏轉線圈電流與鏡筒中掃描線圈電流之比。實際的情況是:顯微鏡中偏轉線圈電流值保持恒定，它通過一個衰減網絡與鏡筒中掃描線圈串聯。所以偏光鏡筒中的掃描電流值較小，而且可以靈活改變。這樣顯微鏡圖像的放大倍數就可以很方便地變動。此外，在選定掃描電流檔以后，改變樣品所處的工作距離，也可改變樣品上被掃區的寬度，從而調節偏光顯微鏡圖像的放大倍數。