枯黃萎病被稱為棉花癌癥，發病后很難治愈，減產嚴重。棉花枯萎病主要發生在生長前期，有兩個危害高峰期，一是棉花3葉期后（5月下旬），二是棉花蕾期（6月中下旬）。棉花黃萎病發病較晚，危害高峰期在8月中旬。這兩種病害有時混合發生，危害嚴重。枯黃萎病發病越早，棉花減產越嚴重，應及早采取綜合措施預防。

預防棉花枯黃萎病，除選用抗病品種外，采取以下措施也有一定的效果。增施有機肥或秸稈還田、配方施肥、增施磷鉀肥，以培肥地力，提高植株抗病能力。精耕細作，及時中耕松土，以提高地溫，降低發病株率。噴施惠滿豐、魚蛋白、天達2116等營養調節劑也有一定的預防效果。從苗期開始結合防治害蟲噴施葉面肥，將生長調節劑與葉面肥混合噴施效果更好。在發病前和發病初期噴施防治棉花枯黃萎病的藥劑，適用藥有克枯靈27%敵磺·甲霜可濕性粉劑、丙環唑、甲基硫菌靈、多菌靈等。