辣椒病蟲害繁多，其中主要的有辣椒疫病、青枯病、葉枯病、猝倒病、病毒病、白粉病、軟腐病、炭疽病、煙青蟲、蚜蟲、茶黃螨、小地老虎等10多種。辣椒被害后不僅產量損失10--20％，嚴重時損失30--40％，甚至絕收，而且整個生育期多種病蟲可能同時或先后發生；當栽培條件、環境因素發生變化，病蟲格局亦相應發生變化。因此，在藥劑防治工作中，不能墨守陳規，必須縱觀全局，病蟲兼治，預防為主，分期施用。
1．土壤消毒 播種前，每平方米可用70％敵克松2．5克拌土撒施，進行土壤消毒；若出現猝倒病，可用70％甲基托布津200倍液進行噴灑。
2．假植返苗后 可用2．8％克病靈、25％甲霜靈或20％速滅殺丁800倍液噴霧，預防疫病、蚜蟲、病毒病和小地老虎等。
3．移栽時 可分別利用2．8％克病靈800倍液、3％廣枯靈500倍液或2．5％功夫1000倍液潑澆營養缽，預防枯萎病、黃萎病、病毒病、蚜蟲及其他病蟲。
4．6月初用58％甲霜靈錳鋅500倍液，2．5％功夫800倍液噴霧進一步預防疫病和其他病蟲；6月下旬2％菌克毒克200倍液、或大功臣1000倍液噴霧，預防茶黃螨和病毒病，杜絕20％三氯東螨醇等殘留農藥在辣椒上的應用。
5．7月初用2％菌克毒克200倍液、24．5％綠維蟲螨1500倍液噴施，防治茶黃螨和病毒病等。7月上、中旬之交，可用2％菌克毒克200倍液、或1．8％集琦螨克1000倍液噴霧，防治茶黃螨、病毒病等；7月20日左右，再用2％菌克毒克200倍液、24．5％綠維蟲螨或1．8％集琦螨克1500倍液噴霧，防治茶黃螨、病毒病等。
6．7月底或8月初，用8％風雷散1500倍液或25％辣椒抗枯靈500倍液噴霧，防治茶黃螨和炭疽病等。