忌用腐蝕性肥料碳酸氫銨、氨水等，具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，一般不宜做種肥。這類肥料要在翻耕時施入，或施在播種溝下層，不與種子直接接觸，或與土雜肥混合施用。
忌用具有毒害作用的肥料尿素在作物的生長過程中，常生成少量的縮二酸，縮二酸的含量若超過20%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。
忌用具有有害離子的肥料氨化鉀、氨化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。
忌用強堿性肥料強堿性肥料有窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等。窯灰鉀肥含鈣較多，吸水性強，吸水后放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。須作種肥時，必須與高于10倍的有機肥料充分混合，施入播種溝（穴）下層，勿與種子直接接觸，并注意播種后及時覆土，以防危害。
忌用未經腐熟的人畜糞一般經過充分腐熟的人畜糞尿等農家肥可用做種肥，于播種時施在種子附近，效果很好。但如果未經腐熟的生糞做種肥，因肥料在發酵過程中會釋放大量熱能，不僅極易造成燒根，而且釋放氨氣還會灼傷幼苗。人畜糞等農家肥，要經過堆漚高溫發酵，充分腐熟后方可用于種肥。