萬壽菊栽種在低洼潮濕的地點時，靠近地面的莖部常發生長條形褐色皺縮斑月起莖基部和根腐爛。頭狀花冠和種子受侵染后也變褐腐爛。發病嚴重時，葉片因莖部腐爛而枯萎，植株最終死亡。這種病態稱為萬壽菊莖腐病。本病是由疫霉菌屬和鐮刀菌屬的真菌侵染引起的。不同品種的萬壽菊對莖腐病的抗性不同，低矮品種和孔雀草抗病性就比較強。防治萬壽菊莖腐病的措施：一是地栽時避免栽植在土壤過濕用水不良的地段，盆栽也要選擇通透性好的培養土。二是地栽應輪作，并用70％敵克松粉劑消毒。方法是：取敵克松粉劑1公斤，對細土30～40公斤，混合拌勻，而后在栽植溝表面薄薄撒上一層即可。