一、自理報關
自理報關企業進行網上錄入、申報、查詢、打印報關單，以及網上查詢海關回執等操作。
業務流程：
1、自理報關單位錄入業務流程：
(1)、自理報關單位持“報關單錄入”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸“報關單錄入”界面，可先下載本企業征免稅證明、加工貿易手冊或加工區備案清單后，脫機錄入報關單數據(數據暫存在本地數據庫)；
(2)、錄入并提交后將錄入的報關單數據信息上載到數據中心，進入自理報關審核申報業務流程；
2、自理報關審核申報業務流程：
自理報關單位持“報關單審核申報”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸的“報關單審核申報”界面，對報關單的邏輯性、填報的規范性進行審核，確保報關單可以向海關進行申報。若審核不通過，則需要將報關單下載本地進行修改，修改后的報關單需重新上載到數據中心，并且需要重新進行審核。審核通過后進入自理報關申報確認業務流程；
3、自理報關申報確認業務流程：
(1)、自理報關單位持“報關單申報確認”權操作員卡的企業管理人員進入中國電子口岸“報關單申報確認”界面，對報關單進行確認申報操作，經“申報確認”后的報關單通過公共數據中心傳海關內部網。
如果申報確認時認為報關單的填制不符合邏輯，需要將報關單數據下載到本地進行修改，修改完畢之后需要將數據重新上載到數據中心，并且重新進行審核和申報確認。
(2)、自理報關單位打印出經海關審核通過的報關單，并攜帶其他單證去海關辦理其他通關手續。
二、委托報關
受理委托報關的單位有：
1、專門從事報關服務的企業，即專業報關企業；
2、對外貿易倉儲、國際運輸工具、國際運輸工具服務及代理等業務，兼營報關服務業務的企業，即代理報關企業。
受理委托報關的單位代理辦理的報關手續，包括：報關單錄入時的備案數據下載協議、報關單審核委托書、報關單申報委托書或報關單審核申報和申報確認委托書。并向海關出具委托單位的報關委托書。
報關單錄入\申報子系統提供進出口單位通過網上填寫申報委托書或者備案數據下載協議，委托有權代理報關業務的單位代其辦理某項報關業務，如：報關單錄入、報關單審核、報關單申報或報關單審核和申報。有權進行代理報關業務的單位可在網上 接受并確認委托單位的報關委托申請，并在備案數據下載協議和報關委托書的授權范圍內代理委托單位網上辦理相應的報關業務。
委托報關網上業務流程(在進行此項操作前必須先按照網上報關委托業務的流程建立委托關系)：
1、 代理報關單錄入業務流程：
(1)、代理報關單位持“報關單錄入權”操作員卡的操作員進入中國電子口岸“報關單錄入”界面，在備案數據下載協議的授權范圍內下載本委托單位的征免稅證明、加工貿易手冊或加工區備案清單后，脫機錄入報關單數據(數 據暫存在本地數據庫)；
(2)、錄入并提交后將錄入的報關單數據信息上載到數據中心；
2、代理報關審核申報業務流程： 代理報關單位持“報關單審核申報”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸的“報關單審核申報”界面，對報關單的邏輯性、填報的規范性進行審核，確保報關單可以向海關進行申報。則需要將報關單下載本地進行修改，修改后的報關單需重新上載到數據中心，并且需要重新進行審核。審核通過后進入自理報關申報確認業務流程；
3、代理報關申報確認業務流程：
(1)、代理報關單位持具“報關單申報確認”權操作員卡的企業管理人員進入中國電子口岸“報關單申報確認”界面，對報關單進行確認申報操作，經“申報確認”后的報關單通過公共數據中心傳海關內部網。如果申報確認時認為報關單的填制不符合邏輯，需要將報關單數據下載到本地進行修改，修改完畢之后需要將數據重新上載到數據中心，并且重新進行審核和申報確認。
(2)、代理報關單位打印出經海關審核通過的報關單，并攜帶其他單證去海關辦理其他通關手續。
三、轉關運輸提前錄入、申報業務
報關單錄入、申報子系統提供自理報關企業、專業報關企業、代理報關企業網上辦理所需的轉關運輸提前錄入、 申報業務，但代理報關企業、專業報關企業應用該系統進行轉關運輸報關單、轉關運輸申報單的提前錄入、申報時，必須事先通過本系統與委托方簽定委托報關協議。
網上轉關運輸錄入、申報業務流程：
1、自理報關企業轉關運輸錄入、申報網上業務流程：與網上自理報關業務流程類同；
2、代理報關企業轉關運輸錄入、申報網上業務流程：與委托報關業務網上流程類同；
四、報關單清單錄入申報業務
報關單清單錄入\申報子系統提供給IT企業或其他需要報關單清單業務的企業，其主要功能包括：報關單清單錄入、申報；報關單清單的綜合查詢；海關回執的查詢等。
網上報關單清單業務流程：
1、報關單清單單位的錄入員進入中國電子口岸“報關清單”頁面，下載備案數據后，脫機錄入報關單清單，錄入完畢，將所錄的報關單清單數據信息上載到數據中心；
2、報關單清單單位的操作員持有操作員卡進入中國電子口岸“報關清單”頁面，查詢所上載報關單清單的回執信息。如該報關單清單回執狀態為已通過，則下載已通過的報關單清單，以進行報關單的操作。