對加工區(qū)運往區(qū)外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，并按照制成品征稅。如屬許可證件管理商品，還應向海關出具有效的進口許可證件。

　　區(qū)內企業(yè)的加工產品和在加工生產過程中產生的邊角料、殘次品、廢品等應復運出境。因特殊情況需要運往區(qū)外時，由企業(yè)申請，經主管海關核準后，按內銷時的狀態(tài)確定歸類并征稅。如屬進口許可證件管理商品，免領進口許可證件。如屬《限制進口類可用作原料的廢物目錄》所列商品，應按現行規(guī)定向環(huán)保部門申領進口許可證件。對無商業(yè)價值的邊角料和廢品，需運往區(qū)外銷毀的，應憑加工區(qū)管理委員會和環(huán)保部門的批件，向主管海關辦理出區(qū)手續(xù)，海關予以免進口許可證件、免稅。

　　區(qū)內企業(yè)在確有需要時，可將有關模具、半成品等運往區(qū)外進行加工。經加工區(qū)主管海關關長批準，由接受委托的區(qū)外企業(yè)向加工區(qū)主管海關繳納貨物應征關稅和進口環(huán)節(jié)增值稅等值保證金或保函后辦理出區(qū)手續(xù)。

　　委托區(qū)外企業(yè)加工的期限由加工區(qū)主管海關參照合同期限核定。貨物加工完畢后應按期運回區(qū)內。區(qū)內企業(yè)憑出區(qū)時填寫的委托區(qū)外加工申請書及有關單證，向加工區(qū)主管海關辦理驗放核銷手續(xù)。加工區(qū)主管海關在辦理驗放核銷手續(xù)后，應及時退還保證金或保函。

　　區(qū)內企業(yè)銷往區(qū)外的機器、設備、模具等，按照國家現行進口政策及有關規(guī)定辦理。

　　區(qū)內企業(yè)經主管海關批準，可在區(qū)外進行產品的測試、檢驗和展示活動。測試、檢驗和展示的產品，應比照海關對暫時進口貨物的管理規(guī)定辦理出區(qū)手續(xù)。

　　區(qū)內使用的機器、設備、模具和辦公用品等，須運往區(qū)外進行維修、測試或檢驗時，區(qū)內企業(yè)或管理機構應填寫《出口加工區(qū)貨物運往區(qū)外維修查驗聯(lián)系單》，向主管海關提出申請，并經主管海關核準、登記、查驗后，方可將機器、設備、模具和辦公用品等運往區(qū)外維修、測試或檢驗。

　　區(qū)內企業(yè)將模具運往區(qū)外維修、測試或檢驗時，應留存模具所生產產品的樣品，以備海關對運回區(qū)內的模具進行核查。

　　運往區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，不得用于區(qū)外加工生產和使用。

　　運往區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，應自運出之日起2個月內運回加工區(qū)。因特殊情況不能如期運回的，區(qū)內企業(yè)應于期限屆滿前7天內，向主管海關說明情況，并申請延期。申請延期以1次為限，延長期限不得超過1個月。

　　運往區(qū)外維修的機器、設備、模具和辦公用品等，運回區(qū)內時，要以海關能辨認其為原物或同一規(guī)格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應一并運回區(qū)內。

　　從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物視同出口，辦理出口報關手續(xù)。其出口退稅，除法律、法規(guī)另有規(guī)定外，按照以下規(guī)定辦理：(一)從區(qū)外進入加工區(qū)供區(qū)內企業(yè)使用的國產機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設施、加工企業(yè)和行政管理部門生產、辦公用房所需合理數量的基建物資等，海關按照對出口貨物的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，并簽發(fā)出口退稅報關單。區(qū)外企業(yè)憑報關單出口退稅聯(lián)向稅務部門申請辦理出口退(免)稅手續(xù)，具體退(免)稅管理辦法由國家稅務總局另行下達。

　　(二)從區(qū)外進入加工區(qū)供區(qū)內企業(yè)和行政管理機構使用的生活消費用品、交通運輸工具等，海關不予簽發(fā)出口退稅報關單。

　　(三)從區(qū)外進入加工區(qū)的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、基建物資等，區(qū)外企業(yè)應當向海關提供上述貨物或物品的清單，并辦理出口報關手續(xù)，經海關查驗后放行。上述貨物或物品，已經繳納的進口環(huán)節(jié)稅，不予退還。

　　(四)因國內技術無法達到產品要求、須將國家禁止出口或統(tǒng)一經營商品運至加工區(qū)內進行某項工序加工的，應報經商務部批準，海關比照出料加工管理辦法進行監(jiān)管，其運入加工區(qū)的貨物，不予簽發(fā)出口退稅報關單。

　　從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物、物品，應運入加工區(qū)內海關指定倉庫或地點，區(qū)外企業(yè)填寫出口報關單，并持境內購貨發(fā)票、裝箱單，向加工區(qū)的主管海關辦理報關手續(xù)。

　　從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物，須經區(qū)內企業(yè)進行實質性加工后，方可運出境外。