人自出生后，外界的微生物就逐漸進入人體。在正常人體皮膚、粘膜及外界相通的各種控道（如口腔、鼻咽腔、腸道和泌尿道）等部位，存在著對人體無害的微生物群，包括細菌、真菌、螺旋體、支原體等。它們在與宿主的長期進化過程中，微生物群的內部及其與宿主之間互相依存、互相制約，形成一個能進行物質、能量及基因交流的動態平衡的生態系統習慣稱之為正常菌群（normal flora）。正常菌群大部分是長期居留于人體的又稱為常居菌，也有少數微生物是暫時寄居的，稱為過路菌。正常菌群的作用有：(1)生物拮抗作用。正常菌群通過粘附和繁殖能形成一層自然菌膜,是一種非特異性的保護膜,可促機體抵抗致病微生物的侵襲及定植,從而對宿主起到一定程度的保護作用。正常菌群除與病原菌爭奪營養物質和空間位置外，還可以通過其代謝產物以及產生抗生素、細菌素等起作用。可以說正常菌群是人體防止外襲菌侵入的生物屏障。(2)刺激免疫應答。正常菌群釋放的內毒素等物質可刺激機體免疫系統保持活躍狀態，是非特異免疫功能的一個不可缺少的組成部分。(3)合成維生素 有些微生物能合成維生素，如核黃素、生物素、葉酸、吡哆醇及維生素k等，供人體吸收利用。(4)降解食物殘渣 腸道中正常菌群可互相配合，降解末被人體消化食物殘渣，便于機體進一步吸收。