定位克隆首先是獲取基因在染色體上的位置的信息，然后采用各種實驗方法克隆基因和進行定位。基因的定位克隆策略大體上可以分成四個步驟。①通過家系連鎖分析資料或染色體微小缺失(雜合性丟失，LOH)等數據，確定基因在染色體上的位置；②通過染色體步移(chromosome walking)、染色體區帶顯微切割等技術，獲得基因所在區段的DNA片段疊連群(contig)，繪制出更精細的染色體圖譜；③確定含有候選基因的染色體片段；④從這些片段中進一步篩選目的基因，并作突變檢測驗證和功能分析。