陰離子交換劑與陽離子交換劑的裝柱和層析過程基本相同。交聯葡聚糖的預處理只需充分溶脹和平衡，不需要除去細粒碎片和酸堿處理。其他步驟也基本同離子交換纖維素。

1．劑型的選擇 根據蛋白質在所用緩沖液pH值下帶電荷的種類選擇，如pH高于蛋白質等電點，應選陰離子交換劑，反之應選陽離子交換劑。一般情況下，DEAE-纖維素用于分離酸性蛋白，而CM纖維素用于分離堿性蛋白質。

下面以DEAE-纖維素操作為例，介紹試驗方法

2．膨脹活化 此步的目的在于除去雜質，暴露DEAE-纖維素上的極性基團。DEAE-纖維素的用量則根據柱容積的大小和所需過柱樣品的量來決定。一般是1.0g DEAE-纖維素相當于6ml～8ml柱床體積。

稱取所需的量，撒于0.5Mol/L NaOH溶液中（1g DEAE—纖維素干粉約需15倍NaOH液），浸泡1h左右，不時攪拌。抽濾（以布氏漏斗加兩層濾紙或尼龍紗布抽濾），以蒸餾水洗滌，再抽濾，直至濾液近中性為止，再將纖維素浸泡于0.5Mol/L HCl中1h，同樣抽濾液至近中性。再將纖維素浸于0.5Mol/L NaOH液中，同樣處理，洗至中性。

3．平衡 將DEAE—纖維素放入0.0lMol/L pH 7. 4 PB液中（即起始緩沖液），靜止1h，不時攪拌，待纖維素下沉后，傾去上清液或抽濾除去洗液，如此反復幾次至傾出液體的pH值與加入的PB液的pH值相近時為止。

4．裝柱 層析柱的選擇要大小、長度適當。一般而言，柱長和柱直徑之比為10︰1～20︰1，柱的內徑上下要均勻一致。用前將層析柱在清潔液內浸泡處理24h，然后依次用常水、蒸餾水、起始緩沖液充分洗滌。

裝柱時，先剪一塊圓形的尼龍紗布（直徑與層析柱內徑一致），放入層析柱底部。將柱下端連接細塑料管，夾上螺旋夾。把層析柱垂直固定在三角鐵架上，倒入起始緩沖液至一半的柱高，除去死區及塑料管內的氣泡。再將平衡的DEAE－纖維素糊狀物沿管壁倒入柱中。注意不要產生氣泡，如有氣泡應排除或重裝。擰開螺旋夾，使流速至1ml/5min，待緩沖液快接近纖維素面時，繼續倒入纖維素糊，同時用玻璃棒攪拌表面層，以免使兩次加入的纖維素形成分界層，通過進出緩沖液調節流量，也可通過塑料管的升降來控制，至柱床體積不變為止。剪一圓形濾紙（與柱內徑大小一致），從柱的上端輕輕放入，使其沉接于纖維素床表面，以免在加樣時打亂纖維素層。裝好柱的柱面應該是平整的，無傾斜，整個柱床內無氣泡、不分層。繼續平衡，使流出液的pH值與流入液的pH值完全一致為止。

5．上樣 要層析的樣品首先必須用起始緩沖液（4℃）平衡過夜，中間可換液數次。將柱的上端打開，用吸管將纖維素柱上面的緩沖液吸出，不要吸凈，留一薄層液面，以免空氣進入。沿管壁緩緩加入樣品，注意不要打亂纖維素表層。擰開下端的螺旋夾，使樣品進入交換劑中，快要進完時，加1ml～2ml緩沖液沖洗柱壁，隨即用多量的洗脫液洗脫。

樣品的加量與DEAE—纖維素有一個最適比的關系，超過這個比值，吸附就不完全，直接影響到分離的純度。經過粗提的 —球蛋白50mg～100mg，用干重約4g DEAE－纖維素裝柱分離，可獲得理想結果。

6．洗脫 對于陰離子交換劑而言，洗脫的辦法是使pH逐漸降低，而離子濃度逐漸升高。一般的辦法，是穩定一個因素而改變另一個因素洗脫。洗脫可采用分段洗脫和連續洗脫法，前者較實用，后者較準確。

7．洗脫液的收集 利用自動分步收集器收集，并以20%磺基水楊酸測試，當蛋白液下來時，開始分管收集，至無蛋白液為止。

8．交換柱的再生 將使用過的DEAE－纖維素移入燒杯中，用2Mol/L NaCl液浸泡，抽濾并洗滌數次。如不立即使用，可加1/10 000的疊氮鈉防腐，保存于4℃冰箱中。使用時，再以堿－酸－堿處理。