①核酸樣品

　　RNA樣品通常需要首先逆轉(zhuǎn)錄成cDNA并進(jìn)行標(biāo)記后才可進(jìn)行檢測。目前，由于檢測靈敏度所限，尚難以普通探針對極少量的核酸分子進(jìn)行雜交和檢測，所以需要對樣品或后續(xù)測試信號進(jìn)行適當(dāng)?shù)姆糯蟆６鄶?shù)方法需要在標(biāo)記和分析前對樣品進(jìn)行適當(dāng)程度的擴(kuò)增，例如通過PCR方法，以使樣品核酸的拷貝數(shù)有所提高達(dá)到檢測的靈敏度。但用DNA芯片進(jìn)行檢測分析時需要對樣品大量的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增和標(biāo)記,所以需要同時對樣品核酸分子大量的區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增，這是一項工作量非常巨大的工作。順應(yīng)這一要求出現(xiàn)了許多解決辦法，并在不同程度上減輕了工作量。例如，Mosaic Technologies公司引入的固相PCR方法，將多對引物固定于支持物上（其位置和序列信息預(yù)定），以類似于原位PCR的方式一次性對樣品多個片段進(jìn)行擴(kuò)增和放大，而且不會由于引物種類過多而出現(xiàn)相互間的競爭和抑制（這種情況曾出現(xiàn)于多重PCR中）。引物具有較強(qiáng)的特異性，擴(kuò)增反應(yīng)也不存在交叉污染，因而省略了處理常規(guī)多重和多個PCR反應(yīng)的繁瑣工作。再如，Lynx Therapeutics公司引入的大規(guī)模并行克隆（massively parallel solid-phase cloning），可在一個樣品中同時對數(shù)以萬計的DNA片段進(jìn)行克隆，且無需單獨處理和分離每個克隆。

　　除了檢測前對樣品分子的放大外，通常仍需要有高靈敏度的檢測設(shè)備來采集、處理和解析生物信息。但，亦有不經(jīng)過對樣品的擴(kuò)增和放大而直接應(yīng)用特殊處理的探針，例如分支探針技術(shù)，而達(dá)到較高的檢測靈敏度水平。這種方法的原理是，設(shè)計具有龐大分支結(jié)構(gòu)的分支核苷酸探針，分支末端以酶標(biāo)記。這樣，經(jīng)過分支核苷酸與酶的雙重放大作用而將標(biāo)本雜交時極弱的信號轉(zhuǎn)換為較強(qiáng)的化學(xué)信號。該技術(shù)比較成功的例子就是HCV與HBV的檢測。它的最大優(yōu)點在于其操作簡便，具有較高的靈敏度，同時也可以保證檢測結(jié)果的特異性[2]。當(dāng)然，由于不同檢測方式的靈敏度不同對于樣品的處理和擴(kuò)增情況的要求亦有所不同，具體的處理和放大方法仍需根據(jù)實際情況進(jìn)行選擇。

②蛋白及其它生物樣品

　　同樣，基于生物大分子相互作用原理的生物芯片在檢測時生物樣品的處理遵循相似的方式，即信號的放大和樣品的標(biāo)記。例如，蛋白芯片在進(jìn)行檢測和分析時，可以將待分析的蛋白樣品用熒光素或其它物質(zhì)進(jìn)行標(biāo)記，然后與生物芯片上的生物大分子進(jìn)行相互作用，最后依據(jù)標(biāo)記物質(zhì)的不同采取相應(yīng)的檢測方式采集和分析樣品和芯片上生物大分子相互作用的結(jié)果。對與非核酸類的生物大分子，存在的問題是有時不便于對其進(jìn)行擴(kuò)增和放大，因為其它生物大分子的結(jié)構(gòu)相對比較復(fù)雜不能進(jìn)行簡便的克隆或擴(kuò)增。所以，這就向檢測的靈敏度提出了更高的要求。其它生物大分子的檢測和分析類似與蛋白分子。例如核酸與蛋白的相互作用，配體間的相互作用，糖與蛋白的相互作用等。