Southern雜交可用來檢測經限制性內切酶切割后的DNA片段中是否存在與探針同源的序列,它包括下列步驟:
　　(1) 酶切DNA, 凝膠電泳分離各酶切片段,然后使DNA原位變性。
　　(2) 將DNA片段轉移到固體支持物(硝酸纖維素濾膜或尼龍膜)上。
　　(3) 預雜交濾膜,掩蓋濾膜上非特異性位點。
　　(4) 讓探針與同源DNA片段雜交,然后漂洗除去非特異性結合的探針。
　　(5) 通過顯影檢查目的DNA所在的位置。
　　Southern雜交能否檢出雜交信號取決于很多因素,包括目的DNA在總DNA中所占的比例、探針的大小和比活性、轉移到濾膜上的DNA量以及探針與目的DNA間的配對情況等。在最佳條件下,放射自顯影曝光數天后, Southern雜交能很靈敏地檢測出低于0.1pg與32 P標記的高比活性探針的(>109 cpm/μg)互補DNA。如果將10μg基因組DNA轉移到濾膜上，并與長度為幾百個核苷酸的探針雜交,曝光過夜,則可檢測出哺乳動物基因組中1kb大小的單拷貝序列。
　　將DNA從凝膠中轉移到固體支持物上的方法主要有3種:(1)毛細管轉移。本方法由Southern發明,故又稱為Southern轉移(或印跡)。毛細管轉移方法的優點是簡單,不需要用其他儀器。缺點是轉移時間較長,轉移后雜交信號較弱。(2)電泳轉移。將DNA變性后,可電泳轉移至帶電荷的尼龍膜上。該法的優點是不需要脫嘌呤/水解作用,可直接轉移較大的DNA片段。缺點是轉移中電流較大,溫度難以控制。通常只有當毛細管轉移和真空轉移無效時,才采用電泳轉移。(3) 真空轉移。有多種真空轉移的商品化儀器,它們一般是將硝酸纖維素膜或尼龍膜放在真空室上面的多孔屏上,再將凝膠置于濾膜上,緩沖液從上面的一個貯液槽中流下,洗脫出凝膠中的DNA,使其沉積在濾膜上。該法的優點是快速,在30分鐘內就能從正常厚度(4-5mm)和正常瓊脂糖濃度(<1%)的凝膠中定量地轉移出來。轉移后得到的雜交信號比Southern轉移強2-3倍。缺點是如不小心，會使凝膠碎裂, 并且在洗膜不嚴格時,其背景比毛細轉移要高。
　　1、材料： 待檢測的DNA，已標記好的探針。
　　2、設備： 電泳儀，電泳槽，塑料盆，真空烤箱，放射自顯影盒，X-光片，雜交袋，硝酸纖維素濾膜或尼龍膜，濾紙。
　　3、試劑：
　　(1)10mg/ml 溴化乙錠（EB）。
　　(2)50×Denhardt's溶液：5g Ficoll-40, 5g PVP, 5g BSA加水至500ml,過濾除菌后于-20℃儲存。
　　(3)1×BLOTTO:5g脫脂奶粉，0.02%疊氮鈉，儲于4℃。
　　(4)預雜交溶液:6×SSC, 5×Denhardt, 0.5% SDS, 100mg/ml鮭魚精子DNA, 50%甲酰胺。
　　(5)雜交溶液:預雜交溶液中加入變性探針即為雜交溶液。
　　(6)0.2mol/L HCl。
　　(7)0.1% SDS。
　　(8)0.4mol/L NaOH。
　　(9)變性溶液:87.75g NaCl, 20.0g NaOH加水至1000ml。
　　(10)中和溶液:175.5g NaCl, 6.7g Tris·Cl, 加水至1000ml。
　　(11)硝酸纖維素濾膜。
　　(12)20×SSC: 3mol/L NaCl, 0.3mol/L檸檬酸鈉,用1mol/L HCl調節pH至7.0;
　　(13)2×、1×、0.5×、0.25×和0.1×SSC:用20×SSC稀釋。
　　4、操作步驟：
　　(1) 約50μl體積中酶切10pg-10μg的DNA, 然后在瓊脂糖凝膠中電泳12-24小時(包括DNA分子量標準物)。
　　(2) 500ml水中加入25μl 10mg/ml溴化乙錠,將凝膠放置其中染色30分鐘, 然后照相。
　　(3) 依次用下列溶液處理凝膠,并輕微搖動: 500ml 0.2mol/L HCl 10分鐘, 傾去溶液(如果限制性片段>10kb, 酸處理時間為20分鐘)，用水清洗數次,傾去溶液; 500ml變性溶液兩次,每次15分鐘,傾去溶液; 500ml中和溶液30分鐘。如果使用尼龍膜雜交，本步可以省略。
　　(4) 戴上手套,在盤中加20×SSC液,將硝酸纖維素濾膜先用無菌水完全濕透,再用20×SSC浸泡。將硝酸纖維素濾膜一次準確地蓋在凝膠上,去除氣泡。用浸過20×SSC液的3濾紙蓋住濾膜,然后加上干的3濾紙和干紙巾,根據DNA復雜程度轉移2-12小時。當使用尼龍膜雜交時，該膜用水浸潤一次即可，轉移時用0.4mol/L NaOH代替20×SSC。簡單的印跡轉移2-3小時,對于基因組印跡,一般需要較長時間的轉移。
　　(5) 去除紙巾等,用藍色圓珠筆在濾膜右上角記下轉移日期,做好記號,取出濾膜,在2×SSC中洗5分鐘,涼干后在80℃中烘烤2小時。注意在使用尼龍膜雜交時，只能空氣干燥，不得烘烤。
　　(6) 將濾膜放入含6-10ml預雜交液的密封小塑料袋中,將預雜交液加在袋的底部,前后擠壓小袋,使濾膜濕透。在一定溫度下(一般為37-42℃)預雜交3-12小時，棄去預雜交液。
　　(7) 制備同位素標記探針（參見第一節），探針煮沸變性5分鐘。
　　(8) 在雜交液中加入探針,混勻。如步驟（6）將混合液注入密封塑料袋中,在與預雜交相同溫度下雜交6-12小時。
　　(9) 取出濾膜,依次用下列溶液處理,并輕輕搖動: 在室溫下, 1×SSC/0.1% SDS, 15分鐘, 兩次。 在雜交溫度下, 0.25×SSC/0.1% SDS, 15分鐘, 兩次。
　　(10) 空氣干燥硝酸纖維素濾膜,然后在X光片上曝光。通常曝光1-2天后可見DNA譜帶。對于≥108 cpm/μg從缺口平移所得探針,可很容易地從10μg哺乳DNA中檢測到10pg的單拷貝基因。