錨定PCR（Anchored PCR, A-PCR）主要用于分析具有可變末端的DNA序列，Loh等用A-PCR對人外周血淋巴細胞T細胞受體α-鏈的mRNA的多變性進行了分析。先合成cDNA，并用末端脫氧核苷酸轉移酶在其3’-可變區(qū)末端加上一個PolyG尾巴。Loh等恒定區(qū)與可變區(qū)連接部位設一個引物，另一個引物是一個具5’-polyG尾巴的引物。帶有PolyG尾巴的引物是一個固定點，它可以并與PolyG尾巴結合，無論其余部分序列如何，只識別片段末端，利用此法可從前述mRNA中檢出至少20種不同序列，每一種都是獨特的，表明A-PCR不對任何特殊序列有傾向性結果，可用于T細胞、腫瘤及其它部位抗體基因的研究。