類型I已知基因的序列
（1）已知DNA序列，包括三種情況，一是已知目的基因的DNA全部或部分DNA序列（與題目要求略有出入）；二是已知其它物種的同類基因的DNA序列（功能可能已知，與題目要求略有出入）；三是已知目的基因cDNA全部或部分序列（屬于題目要求已達到的類型）。
（2）已知目的基因表達產(chǎn)物蛋白等序列。
在這兩種情況下一般采用PCR技術(shù)或探針分子雜交技術(shù)分離克隆目的基因。

類型II已有基因圖位或標記，轉(zhuǎn)座子等條件，分別可采用轉(zhuǎn)座子標簽法、T-DNA標簽法及圖位克隆技術(shù)進行分離克隆目的基因。

類型III為止目的基因序列
（1）差異表達序列，即目的基因表達具有組織、器官等時空差異性。可以采用隨機引物多態(tài)性擴增技術(shù)，定向引物擴增技術(shù)和DDRT-PCR、SSH-PCR、RAP-PCR、DNA-RDA、cDNA捕捉法等進行克隆。
（2）無差異表達的目的基因，可采用文庫篩選法、功能蛋白分離法即直接測須發(fā)等進行，是難度較大較繁瑣的策略。
從基因分離克隆的方法進行分類可分為三類：一種類型是功能克隆，即根據(jù)已知基因的產(chǎn)物推斷出其相應核苷酸序列，再根據(jù)此序列合成寡聚核苷酸探針。從cDNA文庫或基因組文庫中調(diào)取目的基因。第二種類型是表型克隆。是近年來發(fā)展十分迅速的一類方法，例如差異篩選法、差減雜交（SH）、mRNA差別顯示技術(shù)（DDRT-PCR）、代表性差異分析（RAD）抑制型差減雜交（SSH）等。第三類是無基因序列及表達功能信息，但具有基因遺傳圖，轉(zhuǎn)座子標簽等條件，常用圖位克隆和轉(zhuǎn)座子標簽法克隆。