斑點雜交（Dot blot）是將被檢標本點到膜上，烘烤固定。這種方法耗時短，可做半定量分析。一張膜上可同時檢測多個樣品，為使點樣準確方便，市售有多種多管吸印儀（Manifold），如MinifoldⅠ和Ⅱ、Bio-Dot(Bio-Rad)和Hybri-Dot，它們有許多孔，樣品加到孔中，在負壓下就會流到膜上呈斑點狀或狹縫狀。反復沖洗進樣孔，取出膜烤干或紫外線照射以固定標本，這時的膜就可以進行雜交。
（1）DNA斑點雜交：
①先將膜在水中浸濕，再放到15×SSC中。
②將DNA樣品溶于水或TE，煮沸5min，冰中速冷。
③用鉛筆在濾膜上標好位置,將DNA點樣于膜上,每個樣品一般點5μl(2~10μg DNA)。
④將膜烘干，密封保存備用。
（2）RNA斑點雜交：與上法類似，每個樣品至多加10μg總RNA（經酚/氯仿或異硫氰酸胍提取純化），方法是將RNA溶于5μl
DEPC水，加5μl甲醛/SSC緩沖液（10×SSC中含6.15mol/L甲醛），使RNA變性，然后取5-8μl點樣于處理好的濾膜上，烘干。
（3）完整細胞斑點雜交：應用類似檢測細菌菌落的方法，可以對細胞培養物的特異序列進行快速檢測，將整個細胞點到膜上，經NaOH處理，使DNA暴露、變性和固定，再按常規方法進行雜交與檢測。有人曾用此法從105個培養細胞中檢測到至少5pg的Epstein-Barr病毒DNA。完整細胞斑點印跡法可以用于篩選大量標本，因為它使細胞直接在膜上溶解，所以DNA含量甚至比常用的提取法還高，又不影響與32P標記的探針雜交，但它不適用于非放射性標記探針，因為DNA純度不夠，會產生高本底。