在互聯網上，有很多軟件可以解決分子生物實驗人員從立項到最后寫論文的實際問題。本文提供了對相同作用的很多軟件進行比較后推薦給一線實驗人員使用的Windows軟件。
一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個專題的文章，并寫出對該專題的綜述，以便對自己所要做課題的現狀有一個基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優點：可以在線通過查找關鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數據庫中的專業資料，保存查找的資料為本地文件。資料內容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網絡時點擊一個鍵就可以到相應的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料，插入引用，并在文章中對引用格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換。也可以作為本地資料管理軟件。
缺點：沒有非常明顯的缺點。
同類參考軟件：Endnote 3.1.2

二、序列分析、實驗設計階段。本階段包括限制酶分析、引物設計、同源序列比較、質粒作圖、結構域(motif)查找、RNA二級結構預測、蛋白二級結構分析、克隆策略圖譜、三維結構顯示等方面的內容。
1、 綜合性軟件。這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備，但這類軟件大多在專項分析上沒有絕對優勢。
推薦軟件：Omiga 2.0
優點：你所能想到的對核酸蛋白的序列分析功能，它大多具備，而且有很舒適的表達方式。不喜歡裝備各種專業性強的軟件、而希望用一個綜合性的軟件代替的實驗人員可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。另外，該軟件還提供了多個很有特色的序列分析功能，如有類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關的多肽酶處理后產生多肽片段。
缺點：文件實在太大了。要完全下載所有有關軟件的話，需近30M，而且每個功能并不十分完美，只能說可以解決問題。而且要掌握并靈活運用并不是簡單的事。
同類參考軟件：Vector NTI Suite 5.5 DNASIS 2.5
2、 限制酶分析。可能是最簡單的功能了，其實我們用普通的文本搜索也能找出相應的序列位點。不過，正因為如此，所以我們希望軟件在結果輸出上有更完美的表現。
推薦軟件：DNAssist 1.0
優點：雖然能進行限制酶分析的軟件多如牛毛，但可以說本軟件幾乎是唯一合格的限制酶分析軟件。原因是大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環狀的序列就找不到EcoR I的位點。而這個軟件是唯一能非常簡單地達到這個目的把這個EcoR I位點找出來的軟件。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）、沒有的位點。可以說限制酶分析上該軟件是當之無愧的冠軍。
缺點：顯示結果是黑白的，不是非常亮麗。而且本軟件在限制酶管理上有一個錯誤（bug）。
同類參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件
3、 引物設計。由于引物設計大多在原來的序列上設計，因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析，參考各種結果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關鍵。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優點：顧名思義，該軟件就是用來進行引物設計的。可以簡單地通過手動拖動鼠標找到擴增出相應片段所需的引物。在手動的任何時候，下面顯示各種參數的改變和可能的二聚體、異二聚體、發夾結構等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結果顯示出來，而且進行這些操作非常簡單。
缺點：沒有明顯缺點
同類參考軟件：DNAClub Oligo 5.0
4、 同源序列比較。與限制酶分析相似，由于這類軟件的內核大都是相同的。所以其結果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2
優點：用亮麗的色彩來區分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報告為進化樹的格式。選擇項多，可以達到所需的要求。
缺點：要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類參考軟件：MACAW 2.05 Blast等
5、 質粒作圖。與限制酶分析一樣，這也是最常用的功能。很顯然，要求軟件能對已知序列自動作圖，對未知序列但關鍵部位位置清楚的質粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結構域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優點：符合上述對質粒作圖的所有要求，而且做出來的圖可以用到下面要講到的克隆策略圖譜中去。
缺點：使用實在太不方便了。
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33 等
6、 結構域（motif）查找。與限制酶的分析相似，這也是一個文本查找的內容，關鍵在于以何種方式顯示查詢結果。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優點：該軟件在結構域查找方面和限制酶查找一樣，結果以圖形、表格、序列三種方式提供，而且提供了不存在的結構域列表。軟件本身提供了大量的結構域序列。
缺點：對于環狀的序列也無法解決末端結構域的查找問題（與限制酶分析類似）。
其他參考軟件：沒有很出色的競爭軟件
7、 序列查找下載工具。
推薦軟件：Network Entrez
優點：該軟件是一個客戶端程序，需在聯網時使用，可以查詢核酸、蛋白、基因、三維結構數據，將原來分散的不同站點的序列查詢集中在一起。
缺點：對實驗人員來說，還不是能簡單上手的。而且如果不上網的話，還真是一點用處也沒有。軟件作用太專一了。而且所有的功能在相應網站上也有。
其他參考軟件：無
8、 RNA二級結構預測及分析。這類軟件在windows下用的比較少。而且人們在二級結構預測方面也沒有什么明確的模型。因此，對這類軟件只能以參考參考的心態來使用了，不能報任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
優點：軟件真可謂短小精悍，如此小的軟件，竟然能將我們想知道的各種參數計算出來。與其競爭對手RNAStructure 3.5 相比，功能并沒有少了什么。
缺點：大多數功能通過右鍵彈出菜單進行，對普通人員不太慣。
參考軟件：RNAStructure 3.5
9、 蛋白二級結構分析。不要指望軟件能給你帶來一個有三維結構的蛋白。所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結構的趨向。結果還是要靠人本身。
推薦軟件：Antheprot 4.5
優缺點：由于沒有競爭對手，難以比較，實在無所謂優缺點了。該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結構信息，以便于我們對未知結構蛋白的結構做個假想。
參考軟件：沒有
10、 克隆策略圖譜。幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程，各種位點只能大概估計，與核酸的序列之間的關系當然無從談起。現在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優點：可以將載體與目的基因各自進行適當的限制酶切好后，連接成新的載體-基因。可以將整個克隆過程用圖示方式表示出來。可以根據適當的對照標準（marker）將電泳圖畫出來，而且可以和掃描的實際電泳結果對照。整個過程相當于模擬一個克隆過程。提供了一個相當詳細的教學文件。更何況如前所述，它還是一個優秀的質粒作圖軟件。
缺點：要使用它，實在需要重新學習。雖然使用較難，看在有詳細教學文件和功能急需及強大的份上，也是非常值得的。
參考軟件：沒有
11、 三維結構顯示。用各種方法計算出來的各種三維結構的數據只有在相關軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來面目，使得我們對這些分子的結構有一個直觀的體會。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
優點：程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應的菜單來顯示分子的三維結構。用命令行窗口，通過輸入命令可以執行和顯示復雜和要求極高的三維圖形。
缺點：在擁有強大功能的命令行窗口使用命令時，需記住大量的命令，還要對分子的一級結構有了解，太難了，簡直又進入了DOS時代。
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
說明：三維結構顯示有一個軟件是瀏覽器插件，就是Chime 2.0 ，它與其他三維結構顯示的作用有些不同，需與瀏覽器一起起作用。
12、 格式轉換。各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數據帶來了困難。可以通過格式轉換軟件互相交換數據。
推薦軟件：Seqverter 1.3
優點：使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉換。而且能夠轉換的格式非常之多。可在線升級以讀寫更多格式文件。
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1
13、 翻譯。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0 β3
優點：可以自動查找ORF并翻譯出蛋白序列，而且可以用實線框將DNA序列、蛋白序列、酶切位點等框起來用于文章寫作，可以選擇不同的密碼子。
缺點：操作教難，與競爭對手Primer Premier 4.11相比，只有查找ORF和可以使用實線框的優點。而后者操作簡單，而且內置很多不同種類的密碼子。
參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件