一種獲得基因功能信息的高通量的方法是cDNA芯片。在一塊顯微鏡載玻片上包含了幾百至幾千個固定的DNA樣本，以類似于Northern blot 和 Southern blot的方法進行雜交。了解了這個方法后，我們決定在我們各自的實驗室Pennsylvania大學（Penn）和Albert Einstein學院醫學部（AECOM）制作了高速，高精度的芯片。這個設備是由Stanford醫學院Pat Brown制造的，第一次論證了這個方法的可行性。我們的目標是（1）最終以合理的價格，用一塊或幾塊芯片來檢測哺乳動物細胞中每個基因的表達，（2）發展以芯片為基礎的繪圖方法，（3）兼顧硬件和超作方法，盡可能地提高靈敏度。
玻片的優勢
一個理想化的支持物允許探針有效地固定在其表面，探針與目標分子能牢固地雜交結合。與另一種用于制作芯片的標準支持物尼龍一樣，玻璃有許多的優點。它也有其特長。首先，DNA樣品以共價鍵的形式結合在處理過的玻片上。第二，玻璃是一種耐用的材料，能夠耐高溫和高離子強度溶液的洗滌。第三，玻璃不是多孔材料，使雜交的容量能保持在最小，因此能提高探針與目標分子的退火效率。第四，由于材料的低熒光性，不會有背景的影響。最后，兩種不同的探針能夠標上兩種不同的熒光標記，在一片芯片上同一個反應中同時孵育；尼龍就受到連續或平行雜交的限制。
芯片需要大量的探針固定（或排列）在玻片上，這里我們描述了AECOM芯片，掃描儀以及進行了關于設計和操作的討論。
自動化裝置性質
AECOM點樣儀，Albert，產生高密度的分隔的矩陣，矩陣包括cDNA、基因組DNA或其他類似的生物物質。機械的基本組成有計算機控制的三軸向的機械手和獨特筆尖裝置。
設計特點
機械手被設計成能自動從96或384孔的微量滴定板中選取樣本，12支點樣筆同時升起，每個點樣筆收集了250-500nl溶液，在每塊玻片上放置0.25-1nl，產生的點的大小范圍直徑為100-150μm。機械手是由設置好的程序控制的，能進行連續的點樣，每一點避免與相鄰的點接觸，每點的中心距離大約為200-250μm。檢測的精密度大約是10μm。機械手放置在可視工作平臺上（Newport公司），允許放置大量的顯微鏡玻片，微量滴定板，三個洗滌裝置和一個干燥裝置。
洗滌裝置是個固定的容器，裝有蒸餾水，兩次微量滴定板使用后需要更換。當筆尖浸過液體后，機械手要來回搖動點樣筆（大約5Hz）來增加清潔程度。雖然我們認為沒必要，但電腦控制的洗滌液可用超聲波或流動的水來替代。干燥裝置實際上是干/濕真空吸塵器（Sear公司，美國），接頭與插入筆尖的限制插口相匹配。干燥器要做到在筆尖有快速流動的空氣圍繞，保持局部真空。
所設計的機械手的重要目的是要達到在最小的震動范圍內的高速和高精確性。我們使用了保濕的可視工作平臺，精密螺旋驅動地機械滑動，高分辨率的解碼器的隨動系統和沿著x軸方向的兩側支桿，避免了在一些系統中所見的懸臂結構。利用第二x軸的滑面來增加系統的固定性，能依次產生更快的定位以及通過工作平臺的準確一致性。這些特點允許在精確率下的快速運動，使機械手能在一秒內對兩塊顯微鏡載玻片操作。
帶有筆尖的點樣筆支持物裝置是一個重要的部分。我們的設計結合了線形運動，控制點樣筆的方向，允許在最小的阻力下精確地縱軸運動，以防止在其他方向上的錯位。我們設計的另一個獨特之處是可調整的末端絲，允許在10μm的范圍內校直每個點樣筆的軸，以保證所有12支筆尖能在同一時間內接觸顯微鏡玻片。而另一個沒有這特點的設計需要與點樣筆的精確長度一致以適應多點樣筆的操作。每個點樣筆由低強度的彈簧作為支持，保證在未接觸表面時能回到伸展的位置。筆尖是由直徑大約為1.6mm的不銹鋼材料逐漸處理變細直至每點直徑為100μm。再沿著中心垂直切割，在尖端分成兩部分，每部部分5μm。
這個系統由可視基礎程序控制的，在Microsoft Windous NT環境下運行，軟件提供：印刷程序具體化；完成系統校正；顯示真正地時間位置、速度和產生的錯誤；與其他功能參數一樣重要的隨動系統；動態地顯示打印過程中的重要參數。隨動系統控制的計算機中的插件能夠動態地控制高速、復雜的機械手的動力，并設計成以它的運動來控制程序的語言。可視原理和隨動插件運動控制程序相互作用，交換了參數、圖象和所需的命令。微量滴定板的同一性是由掃描它的閱讀器所決定的。由于有筆尖易被灰塵和纖維阻礙的問題，打印機現在被附上了軟保護壁允許三個方向的隨意進入并且合并了高效率效式空氣過濾與吹風機以達到濕氣的再流通。
操作
打印的第一步是將顯微鏡載載玻片以統一的形式排列在工作平臺上，用在激光平臺上的1孔作為引導，然后按下。膜微量滴定板固定器突然定位在平臺的某一位置，用同樣的孔來排列自己。同樣的微量滴定板固定器保持在沖洗狀態，也能被放置在任何方便的位置。使用者可任意選擇保留的配置或進入配置中的參數。緩慢移動模式用于校驗，使坐標位置正確。最后，使用者提示增加微量滴定板，機械手進入自動點樣操作。點樣筆從微量滴定板中收集樣品并點樣，從而對每塊載玻片進行同樣的操作。然后沖洗/干燥操作，再對新的樣品進行重復操直到當所有的樣品全部完成。在點樣的過程中，程序自動地將同一來源的微量滴定板保留在磁盤上，優化每一點以及載玻片上的X-Y終點位置。這個文件稍后與基因說明文件合并，產生載玻片上已印好的點的復合說明。
觀察
點大小的精確性依賴著筆尖的規格。尖端精細的槽口要求特殊的微加工工具就象Wire EDM。我們用的筆尖是TeleChem的，與我們的筆軸相匹配。它們的性能是可接受的，雖然它們是十分脆的。我們希望能獲得有進展，更耐用的樣式。
掃描儀特點
我們設計和制造的激光掃描儀IRIS，是Standford大學和國家健康研究所研制的器械的衍生產品，使靈敏度和動態范圍最大化。我們也試圖將運轉的適應程度結合到設計中，因此在將來能夠進行改進，允許更有效的熒光染料的測定（最近引進了DNA自動測序儀）。兩個有染料標記的目標雜交后，玻片被掃描后產生16位TIF圖象。每點的象素強度是與染料分子的數量以及與PCR產物斑點雜交探針數量成比例。
設計特點
激光掃描儀有一些關鍵的組成。軟件是與HPVEE繪圖程序語言同步的程序。規劃圖形的運動，控制A/D轉換數據的捕獲，處理兩個頻道的信號，顯示每一次掃描的真實的時間參數，產生TIF文件的標題以及保存TIF圖象的結果。八個樣本引進的數據平均為每一個象素，轉換為二進制整數，為校正圖象的變化，輪流進行的掃描，然后保存。使用者可以看見大屏幕的示波境波形就是每次掃描的平均值，最小值和最大值統計。
操作
自動化分級操作搜索掃描模式，在X軸的方向上連續地通過顯微鏡載玻片，然后在Y軸的方向上移動一個象素的位置，產生一個bi-方向的光柵模式。X軸的信號解碼器是由特殊設計的觸發回路處理的，取消了每次掃描后的隨動震動，產生了在所有方向上的A/D轉換的清晰觸發。回路保證了微米以下的空間分辨率和圖象的線性結構。兩條激光光柱合成聯合直線，通過雙重光束分割濾波器反射過目標，形成刺激顯微鏡載玻片上染料分子發熒光的精細聚焦光束。部分熒光是由目標分子捕獲的，通過雙光分裂濾波器發送，在濾波立方中分成紅綠兩種信號，在波段通過器中過濾。發送入各自的轉換電信號的光電管（PMT0）中。每個光電管被A/D轉換器放大，過濾和采樣。轉換器完成8個附加抽樣，軟件達到平均每象素8個樣本，產生真實的16位分辨率的圖象。
觀察
我們最初獲得了不恰當的信噪比，因此制定了雙成分過濾器，（根據濃度）建立了我們規格，降低DC成分的干擾水平。立體過濾成分的去除，進一步改進了靈敏度。我們原先的設計有包括兩個相配的聚焦鏡的立體過濾器，小孔和不同的元件，這些如果組合在一起形成了共焦顯微鏡。但是我們發現光學共焦不能加強檢測。事實上，鏡頭使干擾水平增加了兩倍，這是由于自動的熒光性-整個裝備導致了所需信號相當大的衰減，結果所有信噪比大大地減弱。我們因此推斷在X軸方向的立體過濾在應用中沒有起到作用。我們發現激光輸出的清晰過濾對降低干擾是基本的。最后，為了達到可視成分的精細排列和精確的最佳聚焦，利用了刻度載玻片和軟件，獲得了高靈敏度的雙物鏡系統和廣大的動態視野范圍。
有時遇到的問題是鏡子干擾的存在，由十分明亮但比我們所需的點的圖象要小（<1μm-25μm）的信號組成。我們認為這是由于灰塵和沒結合的染料所形成的。在干凈的環境中操作，嚴格遵守雜交程序對減少這些影響是十分必要的。
在屏幕上顯示的波形是可重復的。當比較同一行的重復掃描，我們發現極好的重復性。從中我們降低了由于掃描儀的光學和電子學因素而沒傳入的有用信號所產生的變形。當調節不同的控制參數時，這個顯示能力也使我們精確地測量了在信號-干擾率上的影響。PMT冷卻是包括在保持電子干擾最小化的設計中的。迄今為止，當PMT冷卻到-18℃時，我們還沒有找到在提高靈敏度方面的巨大進展。系統的干擾水平還沒有達到電子干擾的水平，它的重要元件仍舊有光學干擾。可能是雜交進程中在載玻片上留下了一些自動顯示熒光的殘余。我們正開發新的方法來進一步減少干擾水平。
從目前系統的靈敏性來看，10 mW激光的能量看來是足夠的，5mW就能產生令人滿意的結果，并且顯示了在這個區域中系統的增進是直線的。PMT的電壓和激光能量是可交換的，不需要降低信號-干擾率。
性能
比較掃描儀的性能，通常沒有可接受的標準。為了測定我們掃描儀的性能，通過利用一些包含不同濃度Cye3染料校準的載玻片來測定靈敏性。結果顯示掃描儀能可靠地測定在100μm點上少于10-18 摩爾的染料的濃度。我們試圖實現對染料結合和雜交能力測定的附加實驗，但是性能顯示我們用目前的探針預備方法能探測到低量的mRNA。初步的結果顯示我們的掃描儀有比市場上的掃描儀高四倍的靈敏度，同時能處理多三倍的信號（在飽和狀態前）。我們的掃描儀有超過1000倍的動態范圍，明顯比高密度過濾器的10倍的動態范圍要好。我們能同時進行雙色成像，但是是有限制的，因為有兩個通道之間的干擾。這能通過在一個時間掃描一種顏色的方法而最小化，雖然當每塊載玻片用兩種以上的染料時，交叉激發仍能產生干擾現象。由我們的系統產生的典型的芯片，掃描用典型的12.8μm的象素大小，能產生16位分辨率的2048 by 1550象素的圖象。每個點覆蓋了大約100個象素，成像的掃描時間大約是40分鐘。
雜交注意事項
DNA的數量。芯片上每點DNA的數量是可估計的。猜想每點堆積的形狀是半球形的，它的容量是可以計算的：
一點的量=1/2 × (4/3πr3 )
每點的DNA的數量=樣本的濃度 × 每點的量
斑點的容量少意味著用于雜交的探針的數量也很少，即使樣本的濃度很高。必須努力減少這樣的限制。一些因素必須考慮到，除了探針DNA的數量外，還有與目標分子相互補的探針DNA的比例，長短，目標分子的活性，就象用于檢測信號方法的靈敏度影響著信號的強度。
雜交信號的濃度是與目標分子活性成比例的，與它的長度成反比，因此目標分子的特殊活性是十分重要的。每次實驗的雜交時間也應該精確測量。
沉積機制
點樣筆的精確切口允許利用毛細現象從微量滴定板中吸取樣本。壓力由點樣筆向下的運動產生，載玻片的表面張力拖動樣本從切口內到玻片上。點的大小依賴于點樣筆向下及離開載玻片的加速度和載玻片表面的張力。點樣筆向玻片的加速度與點的大小成比例，因此能調整到所希望的點的大小。當點樣筆從玻片收回后，在切口內的樣品和沉積在載玻片上的樣本之間的流量就形成了。如果收回的速度很快尖端的量就被打斷了，產生了大的點，不是完美的半球形。如果收回的速度十分慢，點樣量就在尖端"修剪"了，留下的點就小。
DNA樣本
樣本準備在96孔的板上，乙醇沉淀并用70%的乙醇洗滌,然后在2×檸檬酸鈉（SSC）中重建。樣本濃度的重建依賴于所需點的大小和樣本的粘稠度。如果樣本需要排列為小的點，它們的濃度就要高。但是，限制因素是筆尖的設計，會使樣本粘稠而難以排列，那些濃度大于2μg/μl的太粘了而不能點樣。我們點樣的目標濃度是每個樣本15ng一個點。雖然我們在2SSC中重新建立了樣本，但是溶液的離子濃度能在1×SSC到5×SSC之間而不影響雜交，然而樣本溶解在溶液中后離子濃度高于5×SSC就很難與載玻片接觸。
將DNA固定到玻璃片
在DNA排列到玻片上以后，它們是自然干燥的。樣本的固定是通過紫外線（UV）固定的，形成在DNA上的胸腺嘧啶脫氧核苷殘基和硅烷玻片上氨基之間的共價鍵。類似的方法也用于將DNA樣本固定在尼龍膜上。為了完成最大化的雜交，要在紫外線交聯之前，芯片要保持微量的濕潤，通過將"排列"暴露在沸水中，然后在254nm的紫外線下暴露到0.27J/cm2 。我們發現精密測量照射的量是十分有利的，只要確定產生最佳信號的照射最佳水平。過長時間的照射導致了由于連接不充分而產生的DNA損失和個別地，DNA樣本的過多的斷裂。在交聯后，過多的DNA分子在室溫下被0.1%的SDS沖洗掉，然后在雜交以前，排列的樣本在95℃的水中變性。
雜交
有許多方法使目標分子和探針進行雜交。我們發現三個工作溶液對于熒光探針和固定在玻璃上的DNA的雜交是很好的；與溶劑和溫度不相關。一般來說，在42℃，甲酰胺基礎上的雜交比65℃水溶液中的要好，因為促進了信號和雜質的比率。但在甲酰胺中的動態雜交要比在水溶液中的慢，當用低拷貝量的目標分子時，建議使用有右旋糖苷硫酸鹽或聚乙烯乙二醇的水溶液。
類似的方法用于使"雜質"最小化：用Denhardt試劑，十二烷基硫酸鈉（SDS）修剪鮭精DNA，tRNA和Cot1DNA。當我們用cDNA時，也包括多聚A RNA或與富含T的序列相連接的多聚A。