按照“實驗動物環境與設施”國家標準（1994）規定，實驗動物環境設施分為四等，控制程度從低到高，依次為開放系統、亞屏障系統、屏障系統和隔離系統。

開放系統
通常為單走廊專用房舍，采用自然通風或設有排風裝置，有防蟲、防鼠設施，要求籠具和墊料消毒、使用無污染的飼料，人員進出有一定的防疫措施。這類設施僅適用于普通級動物。該系統通常分為三個區域：前區，包括檢疫室、辦公室、休息室等;控制區，包括動物飼育室、或動物實驗室、清潔走廊、清潔物品儲存室等;后勤處理室，包括污染走廊、洗刷消毒室、污物處理設施等。人員、動物和物品原則上按：前區--控制區--后勤處理區的走向運行。

亞屏障系統
又稱為清潔級屏障系統，用于清潔級動物的飼育。一般設雙走廊，也有用層流架作清潔級屏障系統。其設施的結構及設備配置要求都與屏障系統大體相同，只是空氣潔凈度只要求達到10萬級，管理上要求稍低于屏障系統，故稱之為亞屏障系統。也分三個區域，即清潔區、污染區和外部區。清潔區包括動物飼育室或實驗室、清潔走廊、清潔準備室、清潔物品儲存室、檢疫室等;污染區包括污染走廊、洗刷消毒室等;外部區包括接受動物室、飼料加工室、庫房、更衣淋浴間、辦公室、值班室、機房、焚燒爐等。結構通常是雙走廊，凡進入清潔區的人員、動物、和物品，甚至空氣和水都要經過相應的處理，保證該區域不受微生物的侵染。
進入清潔區的人員、動物和物品要分別遵循一定的運行路線：
人員：更衣--淋浴--更衣--清潔走廊--飼養室或動物實驗室--污染走廊--洗刷消毒室--更衣--外部區域。
物品：包裝--高壓消毒（已包裝消毒的可經傳遞窗，清結籠具經有消毒液的渡槽）--清結準備室--清潔物品儲存室--飼養室或動物實驗室--（污物經包裝處理）污染走廊--外部區域。
動物：動物（帶專用包裝）--傳遞窗--檢疫室--清潔走廊--飼育室或實驗室--（實驗后或生產供應）--（經包裝）污染走廊--外部區域。

屏障系統
主要是用于SPF級動物的飼育。有正壓屏障構造、負壓屏障構造（生物安全屏障系統）也有用層流架（正壓/負壓）或隔離器作SPF級屏障系統。屏障系統設施，要求與外界隔離，空氣經三級過濾凈化后才進入屏障設施之內，空氣潔凈度為10,000級。除生物安全屏障系統為負壓以外，通常應保持為正壓，且不低于20--50Pa;出風口設有防空氣倒流裝置。屏障系統設有清潔和污染走廊，進入系統的籠具、飼料、飲水、墊料、器械等一切物品都要經過嚴格的消毒滅菌，人員進入要經淋浴、更衣，使用專用的服裝，進入的動物要有專用包裝，也經嚴格的消毒處理。系統內的人員、物品和空氣等采用單向固定的流通路線，有呼吸系統疾病和皮膚病的人員不能進入系統內。結構要求和進入系統內的人、動物和物品的運行等與亞屏障系統基本相同，但要求更為嚴格。

隔離系統
主要設備是隔離器，分有正壓和負壓隔離器。隔離器及其輔助裝置共同組成的隔離系統，用于飼養SPF動物、無菌動物和悉生動物。隔離器可置于亞屏障系統或開放系統內運轉，如在開放系統內，則要嚴格控制系統內環境的溫、濕度。
操作時，工作人員只能通過隔離器上的橡膠手套來進行飼養或實驗。物品是通過包裝消毒后，由滅菌渡艙或傳遞窗傳入;動物是經由無菌剖腹產的方法進入;進入隔離器的空氣，應經高效過濾，保證隔離器內空氣潔凈度達100級，無菌并維持正壓狀態。根據實驗需要也可維持負壓狀態，但需要配置空氣排放裝置，保證空氣排放符合標準。
另外，對實驗動物設施的房舍設施的建設，如：地面、門窗、墻壁、天花板、走廊及空氣凈化調節設備與送排風系統等都有詳細的要求，例如：地面要求平而不滑，一般不設排水口;墻壁要求保溫和隔音，墻涂料耐酸堿，易于消毒清洗;有壓力梯度的系統，門應開向壓力高的一側等。總之，設施建設是從質量控制要求的角度，考慮到操作和成本等因素來提出相應的要求。