接種用的材料表面，常常附有多種多樣的微生物，這些微生物一旦帶進培養基，就會迅速滋生，使實驗前功盡棄。因此，材料在接種前必須進行滅菌。滅菌時，既要將材料上附著的微生物殺死，同時又不能傷及材料。因此，滅菌采用何種藥劑，什么濃度，處理多長時間，均應根據材料對藥劑的敏感情況仔細敲定。

　　經常使用的滅菌劑有次氯酸鈉、過氧化氫、漂白粉、溴水和低濃度的氯化汞等。使用這些滅菌劑，都能起到表面殺菌的作用。但氯化汞滅菌后，汞離子在材料上不易去掉，必須將材料用無菌水多清洗幾次。

　　外植體的滅菌工作應在接種室或接種箱內無菌的條件下進行。

花藥的滅菌

　　用于組織培養的花藥，按小孢子發育時期要求，實際上大多沒有成熟，花藥外面有萼片、花瓣或穎片、稃片保護著，通常處于無菌狀態。所以一般只對整個花蕾或幼穗進行滅菌。如茄（Solanum melongena L.）的花藥，滅菌時先去掉花蕾的萼片，用70%酒精擦洗花瓣，然后將整個花蕾浸泡在飽和漂白粉上清液中10分鐘，再經無菌水清洗2～3次，即可接種。這一滅菌程序，也適用于其它植物花藥的滅菌。

果實及種子的滅菌

　　滅菌前，先將果實、種子用純酒精迅速漂洗一下或將種子浸泡10分鐘。對于果實，一般再用2%的次氯酸鈉溶液浸泡20～30分鐘甚至幾小時，持續時間視種皮硬度而定。對用作胚或胚乳培養的種子，如種皮太硬，則在滅菌前先去掉外種皮，再用4～8%次氯酸鈉溶液浸泡8～10分鐘，用無菌水清洗后，即可剖出胚或胚乳進行接種。

莖尖、莖段及葉片的滅菌

　　滅菌方法與花藥的滅菌方法相同。對于莖葉，因為暴露在空中，且生有毛或刺等附屬物，所以滅菌前應該用自來水沖洗干凈，用吸水紙將水吸干，再用70%酒精漂洗一下。然后，根據材料的老、嫩和枝條的堅硬程度，用2～10%次氯酸鈉溶液浸泡6～15分鐘，用無菌水沖洗3次，用無菌紙吸干后進行接種。

根和貯藏器官的消毒

　　這類材料大多埋于土中，材料上常有損傷及帶有泥土。滅菌比較困難。滅菌前，要用自來水清洗，并用毛刷或毛筆輕輕刷洗去掉污物，吸干后用70%酒精漂洗一下，再用0.1～0.2%的氯化汞滅菌5～10分鐘，或用6～8%次氯酸鈉溶液浸5～15分鐘，接著用無菌水清洗及用無菌紙吸干，然后進行接種。