藥用植物用種子繁殖最為普遍，如人參、西洋參、黃連、當歸等，具有繁殖技術簡便，繁殖系數大，利于引種馴化和新品種培育等特點。但是，種子繁殖的后代容易產生變異，開花結實較遲，尤其是木本藥用植物，種子繁殖所需年限也長。

　　1．種子特性
種子是一個處在休眠期的有生命的活體，種子休眠受內在或外在因素的限制，一時不能發芽或發芽困難的現象，是植物對外界條件長期形成的一種適應性。種子收獲后在適宜發芽條件下由于未通過生理后熟階段，暫時不能發芽的現象稱為生理休眠；由于種子得不到發芽所需的外界條件，暫時不能發芽的現象稱為強迫休眠。生理休眠的原因，一是胚尚未成熟；二是胚雖在形態上發育完全，但貯藏的物質還沒有轉變為胚發育所能利用的狀態；三是胚的分化已完成，但胚細胞原生質出現孤離現象，在原生質外包有一層脂類物質，使透性降低。上述三種情況均需經過種子自身的后熟作用才能萌發。另外還有兩種情況：一是在果實、種皮或胚乳中存在抑制發芽的物質如氰酸、氮、植物堿、有機酸、乙醛等，阻礙胚的萌發；二是種皮太厚、太硬或有蠟質，透水、透氣性能差，影響種子萌發，種子休眠在生產實踐上有重要意義，常可應用植物激素，以及各種物理、化學方法來促進種子發芽。
　　種子是有一定壽命的，種子的壽命就是指種子的活力。即在一定環境條件下能保持的最長年限。各種藥用植物種子的壽命差異很大，壽命短的只有幾日或不超過去1年。種子壽命與貯藏條件有直接關系，適宜的貯藏條件可以延長種子的壽命。但是，生產上還是采用新鮮的種子，因隔年的種子發芽率均有降低。

　　2．種子的萌芽
　　（1）吸脹 干種子大量吸水，鮮重急劇增加的階段稱為吸脹。種子吸水后，種皮膨脹軟化，種子與外界氣體交換得以進行，同時通過水合作用，原生質由不活躍的凝膠狀態變化為活躍的溶膠狀態，這就為第二階段的各種轉化提供了條件。
　　（2）鮮重增加的停頓期 從外表看種子表現靜止，沒有變化，但內部生理活動極為活躍，進行著種子萌發最重要的生理過程。
　　（3）幼根突破種皮 由于根和莖的生長，鮮重再次增加，幼苗出土生長。種子須在一定的外界條件作用下才能萌發，萌發所需的條件，主要是水分、氧氣和溫度。

　　3．播種

將經過精選和處理的藥用植物種子，按一定的規格，播入整地就緒的土壤表層，或在免耕情況下直接播入土中。
　　（1）露地播種①播種期：根據不同藥用植物種子發芽所需溫度條件和生長習性，結合當地氣候，確定各種藥用植物的播種期。一般春播3～4月，秋播9～10月。核果類木本植物如銀杏、核桃等則宜冬播。有些短命種子，宜采后即播，如肉豆蔻、細辛、古柯等。②播種方法：一般分條播、點播、撒播三種。條播：按一定行距在畦面開溝，將種子均勻播入溝內，蓋土、踩壓。條播易于中耕、施肥等管理工作。點播：又稱穴播，適用于大粒種子或生長快的苗木，即按一定的行株距在畦面上挖穴，每穴播種子2～4粒，蓋土、踩壓。發芽后選壯苗，保留一株，其余拔除或移作補苗用，如絲瓜、白扁豆等。撒播：適用于小粒種子，將種子均勻撤在畦面。切忌過密，否則發芽后幼苗生長不良。撒播后用腐殖土覆蓋，厚度以蓋沒種子為度。此法都在苗床育苗時應用，其缺點是不便于管理。③播種深度：所謂播種深度即種子播下后覆土的厚度，應依植物的種類和種子的大小而異。凡種子粒小、發芽率低的應淺播；顆粒大、發芽率高的應深播。④播種后管理：主要是指掌握田間的干濕度，尤其是經催芽的種子，不耐干旱。澆水時要避免土壤板結。出苗以后應適當控制水分，以便幼苗根系向下伸展。
　　（2）保護地育苗 有些藥用植物，為了延長生長期，提高產量、質量，往往提前在保護地育苗，待田間氣溫上升后定植到大田。目前，常用的育苗設施有改良陽畦、塑料溫室與玻璃溫室等。①改良陽畦：在拱形覆蓋基礎上，于覆蓋的北側筑一土墻，骨架一端固定在土墻上，呈半拱形，防寒性能比拱形的塑料棚更好。②塑料大棚與玻璃溫室：有加溫與不加溫兩種。熱源可就地取材，有煤、柴油、汽油或鋪設熱水管等。近年，工廠化育苗推行電熱線并用控溫儀加溫。由于地溫得到保證，大大縮短了育苗時間。在地熱線上鋪放床土，床土的配比根據所育幼苗的特性而定，小粒種子如毛地黃、穿心蓮等厚度約1cm；大粒種子可相應增加厚度。