DNA芯片技術是利用核酸雜交原理檢測未知分子。它是由核酸片段如一系列用特定熒光標記的寡核苷酸探針，以預先設計排列方式固定在載玻片或尼龍膜上組成生物集成膜片，與不同標記的游離靶分子（DNA 或RNA）雜交，或生物集成膜片上的不同靶分子與游離的探針雜交，然后應用熒光信號檢測器及處理器根據(jù)雜交分子或未雜交分子所發(fā)出的不同波長的光檢測雜交信號。如完全雜交則發(fā)出強的熒光信號或特殊波長信號，不完全雜交信號較弱，若不能雜交則檢測不到熒光信號或只檢測到芯片上原有熒光信號。這些不同區(qū)域的熒光信號在芯片上組成熒光分布譜型，可被激光共聚焦顯微鏡激發(fā)和檢測，經(jīng)電腦軟件處理檢出DNA的序列及其變化。例如斯坦福大學從外周血淋巴細胞cDNA文庫中用PCR法擴增插入基因，得到1046種未知序列擴增產(chǎn)物，將這些擴增產(chǎn)物作為靶DNA點樣到經(jīng)包被的玻片上，制成DNA芯片，經(jīng)SDS、NaBH4等處理，95℃熱變性后分別與熱擊T細胞及未處理T細胞的cDNA雜交，經(jīng)激光共聚焦掃描系統(tǒng)分析，共發(fā)現(xiàn)17個差異表達的基因，其中11個是被熱誘導的，其余6個是被熱擊抑制的，經(jīng)序列分析表明其中3個為未發(fā)現(xiàn)的新基因。植物上最近已有應用cDNA芯片對草莓、矮牽牛進行基因表達的檢測。
　　DNA芯片技術在發(fā)現(xiàn)新基因及分析各個基因在不同時空表達方面是一項十分有用的技術，已有學者對其在農(nóng)業(yè)上的應用作了展望，如應用DNA芯片技術有望更深入地了解植物生長發(fā)育的內在機制、植物生長激素的作用機制、轉基因工程株的實驗室快速分析、了解小分子對基因表達的影響及加速DNA多態(tài)性的檢測等。