害蟲種類復雜，單食性和寡食性害蟲相對較多藥用植物有上千種，包括草本、藤本、木本等各類植物，生長年齡有一年生、幾年生甚至幾十年生。因此，中藥材的害蟲種類相當復雜、繁多。由于各種藥用植物含有復雜的化學成分，決定了有某些特殊害蟲喜食這些植物或趨向于這些植物上產卵。因此，藥用植物上單食性和寡食性害蟲相對較多，如枸杞
實蠅、山茱萸蛀果蛾等。它們只食害一種或幾種近緣藥用植物。
  道地藥材和病蟲害的關系我國藥用植物栽培有歷史形成的主產區，也有引種栽培的新植區，在主產區栽培的藥材稱為道地藥材。由于地方昆蟲區系決定了道地藥材的害蟲種類，又因主產區相對種植面積較大、長期栽培，病源蟲源積累較多，致使某些病蟲害發生嚴重。如地黃主產河南，當地是棉花產區，因此棉紅蜘蛛為害十分嚴重；其他新植區面積較小，棉紅蜘蛛為害較輕。北沙參鉆心蟲在山東發生嚴重，引種到河北等地，均未發現此蟲為害。
  藥用植物鉆蛀性害蟲和地下病蟲害為害嚴重藥用植物鉆蛀性害蟲和地下害蟲種類多、為害嚴重，尤其是常常為害藥用部位（花、果、根、莖等），造成對產量的直接威脅。許多重要藥用植物的根、塊根和鱗莖等地下部分，既是藥用植物營養成分積累的部位，又是藥用部位。這些地下部分極易遭受土壤中的病原菌及害蟲的為害，導致藥材品質下降甚至死亡。由于地下部分病害發病原因復雜，防治十分困難，因而損失慘重，歷來是植物病害中的難點，而這一問題在藥用植物中尤其突出。幾乎所有的以地下部分入藥的藥用植物都存在嚴重的地下部分病害，其中以真菌病害為主，也有細菌和線蟲病害。在生產上較為突出的例子如人參銹腐病和根腐病、貝母腐爛病、白術根腐病、附子白絹病、當歸根腐病等。
  無性繁殖材料是病害初侵染的重要來源許多重要的藥用植物采用無性繁殖，如地黃、貝母、元胡等。有些是種子育苗后用種苗擴大種植，如人參、當歸等。這些種苗不僅用于主產區，還常被引種到新產區。由于這些繁殖材料基本都是藥用植物的根、塊根、鱗莖等地下部分，本身常常受到嚴重的病害侵染，所以它們是病害的重要侵染來源。如牡丹分根栽植時，不剔除帶有根結線蟲的根段，致使根結線蟲病發生嚴重。