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一、滅菌：滅菌是將料袋內的一切生物利用熱能殺滅的一個過程。目前我國最普遍采用的方法是常壓滅菌，而高壓滅菌應用較少。常壓滅菌過去多采用土蒸鍋，用土蒸鍋滅菌其缺點是裝料少，裝鍋出鍋操作不便，料冷卻較慢，所以有逐漸淘汰的趨勢，取而代之的是利用常壓滅菌小鍋爐（蒸氣發生器），這種滅菌方法可節省燃料，操作方便，冷卻也快。常壓小鍋爐滅菌方法：先將滅菌場所打掃干凈，再將已裝滿料袋的塑料筐一層一層擺好，一般一次可滅菌5000棒左右。用一層塑料布（舊塑料布可用二層）蓋在上邊，再覆蓋一層苫布。如果是冬季苫布上邊再蓋棉被一層，四周用砂袋壓好或用繩子捆好。這時可開始生火加溫，開鍋后蒸氣通過管道進入菌棒垛內。為縮短垛內菌棒達到100℃的時間，一般用兩臺小鍋爐同時滅菌。大約3-5小時左右會發現苫布鼓起，我們稱之為"園汽"，即垛內溫度達到100℃以上，有時會達到105℃。此時可開始計時并不間斷滅菌12-14小時。如果用新塑料布覆蓋，可在料垛的四個角下部分別放置四個鐵管，讓其自然排汽，以免垛內壓力過高將整個覆蓋物掀起。裝好的菌袋不可久置應馬上滅菌，以免培養料酸敗，特別是在夏季更應注意。如滅菌過程中停電吹風機無法使用，可采用加高鍋爐煙筒的方法繼續滅菌，決不能停工待電。用兩臺小鍋爐滅菌，加水的時間要錯開，不能同時加水，使苫布始終保持鼓起狀態。當滅菌結束，可停火使之自然降溫冷卻，在冷卻過程中，夏季可將苫布掀掉，但塑料布不能掀掉。滅菌效果正常的菌棒表現為深褐色，有特殊香味，無酸臭味。袋內培養料PH值為6.5-7，并有輕微皺曲現象。在高海拔地區如內蒙鄂爾多斯（海拔1459米），青海門源縣（海拔2851米）等，筆者用二臺小鍋爐同時滅菌，使料垛內保持一定壓力，溫度也可達到100℃。在菌棒生產過程中，滅菌的效果是菌棒生產的關鍵。在生產實踐中，一些新的栽培廠家，最容易出的問題就是滅菌這個環節。
二 、接種：就是將固體菌種或液體菌種接入菌棒的過程或方法。接種的整個過程都應按無菌操作要求進行。能否做到無菌操作是接種成敗的關鍵。接種常用的方法為接種箱和接種室接種。
2.1 接種箱接種：接種箱接種是我國廣大農村一家一戶栽培食用菌最常用的接種方法。其缺點是一次接種數量小，操作不便。用接種箱接種其原理和方法同接種室大同小異，但有如下幾點請注意：①接種箱密閉性一定要好。接種箱的套袖要用不易透氣的二層布料做成。套袖前后要帶有二個松緊帶。兩個松緊帶之間距離為：18cm左右。②對于舊接種箱要先用水沖洗曬干再進行一次熏蒸消毒，熏蒸用藥量是常規二倍。新接種箱也應先熏蒸一次。③接種箱盡量放在干燥、干凈、密閉性好的房間內。也可將接種箱放入塑料大棚內接種，但塑料大棚一定要干燥，同時要求大棚提前晾曬并熏蒸消毒一次。
2.2 接種室接種：這種接種方法是有條件的菇場規模化生產菌棒最常用的一種接種方法，此方法由于操作方便，接種速度快，有取代利用接種箱傳統接種方法的趨勢。
2.2.1 對接種室的要求：要求接種室有良好的密閉性和通風性能，地面、墻壁及天花板光滑便于消毒，接種室周圍環境要求清潔干凈，接種室最好有紫外線燈和緩沖間。
2.2.2 接種室使用前的處理：新建的房間作為接種室，在使用前加強通風并放置一些生石灰塊吸水使之干燥，同時用墩布將地面擦洗干凈。舊接種室重新使用時，應先將其打掃擦洗干凈后，再用甲醛和高錳酸鉀按每立米10毫升甲醛5g高錳酸鉀進行熏蒸。
2.2.3 菌種挑選與處理：菌種在使用前一定要進行挑選及處理，這點非常重要，也是廣大食用菌栽培者最易忽視的問題。生產實踐中發現，發菌期間有成片菌棒兩頭接種處有雜菌感染。這種情況十有八九問題出在菌種上。有時在接種過程中發現菌種有雜菌，趕緊采取措施也為時已晚。所以我們要求菌種在使用前要有專人認真挑選。挑選人員一定要有多年菌種生產經驗，在光線較好的地方進行。菌種在使用前要進行處理，因在菌種培養過程中（大約30天），菌種表面會有一層灰塵，而雜菌孢子會附著在灰塵上。一般來講，對規模化生產的場家，培養室內雜菌孢子濃度較一般房間高，特別是用塑料袋為菌種容器，更是如此。因為菌種袋的破口處很容易感染雜菌，大量雜菌孢子會從破口處飛散到整個菌種培養室。處理的方法是：先用0.5-1%甲醛水洗去菌種表面的灰塵，再將菌種浸入3%來蘇爾溶液中幾秒鐘撈出。
2.2.4 熏蒸消毒 ：將滅菌后的菌棒搬運至接種室，再將空氣潔凈器、小板凳、接種用具、塑料周轉框（3-4個）、接種臺、灑精燈、火柴等放入接種室便可開始熏蒸消毒。煙霧消毒劑被點燃后可迅速關閉門窗并打開紫外線燈。同時用一小接種箱將接種服進行熏蒸消毒。接種服要專門訂做，不能用平常的白大褂。
2.2.5 接種：當菌棒溫度降至26℃左右及接種室內煙霧消毒劑的氣味散盡時，接種人員在緩沖間洗手、換鞋、換帽、換衣服后可進入接種室內。先打開空氣潔凈器，然后3-4人一組開始接種。接種時點燃灑精燈，在其上方操作，動作要熟練快捷。一般是一人放種，2-3人解袋綁口。一瓶菌種（500ml）可接種菌棒15個（兩頭接種）。在接種過程中要禁止閑雜人員入內并盡量避免接種人員外出。此外接種人員盡量不要去拌料、發菌場所。生產實踐表明，接種人員應保持穩定，盡量不要換人。
