該病在露地以葉腐型為主，在保護地以根腐型為主。辣椒疫病在保護地多從根頸部侵入，病部黑褐色。凹陷或萎縮，病斑可圍莖造成根部死亡，植株凋萎。在棚內病菌主要由灌溉水傳播，發病中心多形成于棚室低洼積水、土壤黏重或棚膜漏雨處。影響發病程度的最主要因素是土壤濕度，土壤含水量越高，發病越快越重，特別是大水漫灌，辣椒根頸部浸沒水中，極易造成毀棚。

1、超前預防措施苗床滅菌，預防苗期疫病。育苗前，每平方米用50%多菌靈10克拌20公斤配好的苗床土，將2/3藥土施于苗床，另1/3用以覆種。

2、栽培防病，實行高壟栽培。高壟底寬90厘米，頂端為50厘米，溝底寬20厘米，雙行栽苗于高壟兩側上部。防止灌水量過大，嚴防大水漫灌，不使植株基部接觸水，以保持地面見干見濕為宜。

3、藥劑防治一是定植前，每667平方米用25%甲霜靈可濕性粉劑0.5公斤，對水70公斤消毒土壤。二是定植后用藥液噴灑和灌根。前期掌握在發病前噴灑植株莖部和地表，防止初侵染；生長中后期，特別是田間發現中心病株后，應及時噴灑并灌根，以封閉發病中心，每周1次，連續防治2-3次。藥劑可用50%甲霜銅可濕性粉劑800倍液，或58%雷多米爾可濕性粉劑500倍液。