黑腐病 由莖點霉真菌侵染引發的病害，病菌從莖基部或葉柄基部侵入，使植株近地面處發病，隨后向上侵染，造成心葉腐爛。病部呈黑褐色腐爛狀，有時會產生小黑點（病菌分生孢子器）。主要由種子帶菌引起，苗期可造成猝倒死亡，多數在移栽后發生，造成植株大量死亡。可在發病初期噴施丙森鋅、甲基硫菌靈等藥防治。

軟腐病 屬細菌性病害，造成莖部和葉柄腐爛。病初葉片似開水燙傷狀，繼而顏色變深，發出臭味，常造成莖稈折斷。病菌多從傷口侵入，借水傳播。可在發病初期噴施農用硫酸鏈霉素、銅高尚27.12%堿式硫酸銅懸浮劑等藥防治。

缺硼 芹菜對硼敏感，土壤缺硼或因干旱、偏施氮肥造成植株缺硼，會造成莖稈和葉柄開裂，細菌由此侵入，使芹菜心葉變黑腐爛。受害田塊應及時補施硼肥。

缺鈣 土壤呈酸性和降水量較大的地區植株易缺鈣，偏施氮肥、土壤干旱會加重病情，應注意科學施肥，特別要增施有機肥。在重病區，可在芹菜有7～8張葉片時，噴施氯化鈣溶液或硝酸鈣溶液，每隔7天一次，連噴3～4次。