對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫肥殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不宜撒施，用噴霧的方法效果更明顯。

施用菌肥的最佳溫度是25~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。另外，有的還要掌握濕度，例如，固氮菌最適宜的土壤相對含水量是60％～70％。

不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺鮮紅生物菌。應先施菌肥、隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合施用。還應防止與未腐熟的農家肥混用。

對于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到第一、第二、第三年分別取代30％、40％、60％，磷、鉀肥只能補足，不能減少。

生物菌肥不是速效肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7~10天施用，效果最佳。