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1.農藝防治措施。選用抗病品種，注意品種搭配和輪換。選擇無病田留種，處理病稻草消滅菌源，實行種子消毒。合理肥水管理，施足基肥，早施追肥，中期適當施氮控苗，后期看苗補肥。水分管理要根據“前淺、中曬、后濕潤”的原則。
2.藥劑浸種和浸秧。在播種前和插秧前處理水稻種子和秧苗。常用藥劑：70%抗菌素“402”液劑、40%異稻瘟凈乳劑、40%克瘟散、45%撲霉靈浸種。用20%三環唑可濕性粉浸秧5分鐘，撈出堆悶30分鐘再插。
3.苗瘟和葉瘟防治。防治穂頸瘟需要結合前期防治水稻苗瘟、葉瘟，以減輕前期病害和減少菌源：主要抓住發病初期用藥；本田從分蘗期開始，如發現發病中心或葉片上有急性病斑，即應打藥防治。常用藥劑：20%或40%三環唑可濕性粉劑、40%稻瘟靈（富士1號）乳油、40%滅病威膠懸劑、20%三環異稻可濕性粉劑對水45-50公斤細霧均勻噴霧防治。
4.穗瘟防治。孕穗（破口）期和齊穗期是防治適期。常用藥劑：20%三環唑可濕性粉劑、40%稻瘟靈可濕性粉劑、21.2%加收熱必可濕性粉劑、2%加收米、20%三環異稻可濕性粉劑、40%克瘟散乳劑等對水45-50公斤在破口期和齊穗期各噴霧一次。宜用細霧均勻噴于稻株上部。一些新藥劑對稻瘟病防效較好，如富米樂、苯醚菌酯類及其復配劑等，但價格價偏高。
