兩種病害都為害茶苗，在部分茶區發生嚴重，造成茶苗枯死。
　　茶苗立枯病　常發生在茶苗莖基部，病斑初為暗褐色，橢圓形或不規則形，以后呈灰白色，病斑稍下凹，其上散生許多黑色的小粒點。受害茶苗葉片枯萎，最后整株死亡。該病菌為半知菌亞門擬基點霉屬(Phomopsis theae hara)真菌。病部小黑點為病菌分生孢子器，球形或扁球形。內生兩種分生孢子，一種為紡錘形孢子，無色單胞。另一種為絲狀孢子，稍彎曲呈鉤狀，無色單胞。病菌以菌絲體或分生孢子器在病組織內越冬，次春在適宜條件下產生分生孢子隨風雨傳播，進行侵染為害。病害在高溫高濕下有利于發生發展。該病防治以加強苗木檢查，及時拔除病株為 最重要。其次可于發病初期噴0.7％石灰半量式波爾多液，或50％甲基托布津1000倍液。
　　茶根癌病　以扦插苗圃中常見，主側根均可受害。病菌從扦插苗剪口或根部傷口侵入，初期產生淡褐色球形突起，以后逐漸擴大呈瘤狀，小的似粟粒，大的象豌豆，多個瘤常相互愈合成不規則的大瘤。瘤狀物褐色，木質化而堅硬，表面粗糙。茶苗受害后須根減少，地上部生長不良或枯死。茶根癌病菌為野桿菌屬[agrobacterium tumefaciens(S.et T．) Conn．]細菌。菌體短桿狀，具1～3根極生鞭毛。在普通培養基上形成灰白色圓形菌落。發育適溫為25～29℃，致死溫度為51℃(10分鐘)。在ph7.3時發育最好。根癌病菌在土壤或病組織中越冬。次年環境適宜時，借水流、地下昆蟲及農具傳播為害。病菌從苗木傷口或切口處侵入，在組織內生長發育，刺激細胞加速分裂，產生癌瘤。該病防治要嚴格苗木檢查，防治地下害蟲，減少根系傷口。苗木必要時可用20％石灰水浸根10分鐘消毒后再移栽。