食用菌具有很高的營養價值，自古以來被人們列為菜中佳品。食用菌細胞中最主要的有機物是蛋白質、核酸、碳水化合物和脂類。特別是含有人體自身不能合成的氨基酸。干菇蛋白質的含量15％～45％，脂肪僅2％，具有高蛋白、低脂肪的特點。1公斤蘑菇所含蛋白質，相當于2公斤瘦肉。 3公斤雞蛋或12公斤牛奶的蛋白質含量。食用菌中還含有某些稀有或特有氨基酸以及含氮化合物，對菇類風味形成有重要作用，還能刺激人們的食欲。食用菌還含有多種維生素，每百克鮮菇中含維生素C為206.27毫克，而每百克番茄中含有維生素C才12毫克。富含維生素C的蔬菜尖頭辣椒其含量也只有76～185毫克。每克干菇中的維生素D原含量為128—400個國際單位（1個國際單位的維生素D原=0.05微克的麥角留醇），這個含量是大豆的21倍，紫菜的8倍，甘薯的7倍。一般正常人每天需要的維生素D原是400個國際單位，3～4克香菇就足夠了。而維生素D是鈣質成骨的必要因素，多吃菇類，可防軟骨病。最近研究報道，菇類還含有具生理活性的礦質元素，以磷、鈉、鉀含量最高，其次為鈣和鐵。我國膳食構成一般缺鐵，多食含鐵量高的香菇、木耳，對老齡人特別有益。銀耳含有的磷有助于恢復和提高大腦功能。香菇里含有的鉀可中和進食肉類產生的酸。隨著人們認識的深入和食用菌栽培業的發展，菇類的可口風味及營養必將普惠于廣大勞動人民，而成為人類新的糧食來源之一。
    食用菌藥用價值也很高。許多菌類既是美味佳肴，又是珍貴良藥。我國利用大型真菌作為藥物歷史悠久，如漢代的《神農本草經》及以后的本草學著作均有記載。香菇能"益氣不饑，治風破血"，木耳有潤肺和消化纖維素的作用。銀耳有提神生津、滋補強身的作用。馬勃菌在新鮮時可炒食， 老熟時可止血、治療胃出血等癥。青頭菌能"瀉肝經之火，主治眼目不明"。香菇的藥效也鮮為人知，能降低血中膽固醇，能增強機體對腫瘤細胞的免疫力。近年來我國醫藥工作者更是傾注于認真菌資源中挖掘新藥物。如上海研制的"猴頭菌片"、"蜜環片"、亮菌糖漿"、"健肝片"等，都在臨床上發揮了很好療效。現代發現靈芝對慢性氣管炎、高山病。急慢性肝炎，以及被認為不治之癥的進行性肌營養不良均有一定療效。在許多方劑中，茯苓是著名滋補性食品。雷丸含有溶蛋白酶，可作為驅蟲劑。從云芝中提取的蛋白多糖體（PSK），能增強機體免疫能力，臨床上已作為抗癌藥物應用。用蘑菇預煮液制成藥物，對醫治遷延性肝炎、慢性肝炎、肝腫、早期肝硬變均有顯著療效。在蘑菇、香菇的提取液內，還發現了一種干擾素誘導劑，具有很強抗病毒能力， 類似這些菌類約200種之多，是很有希望的藥物。有百余種大型真菌具有抗腫瘤活性，主要成分是真菌多糖。這些化合 物雖不能直接殺傷腫瘤細胞，但能刺激抗體形成，從而調整和提高機體的免疫功能。

    食用菌作為系列產品開發，其前途廣闊。有些地方用金針菇作成了"金菇飲料"；有人把菌類添加于各類糕點，如 "茯苓夾餅"。用靈芝等菌制成的盆景，更是栩栩如生，如涇陽真菌研究所采用生物學技術造型與傳統盆景工藝相結合，制作的靈芝盆景，已成為一種新開發的創匯產品。用菌類盆栽或插瓶，作為一種家庭觀賞真菌來代替花卉，其市場廣闊。山區有些農民用一種鮮蛤蟆菌子實體能誘殺蒼蠅，因為此菌含有使蒼蠅神經麻痹的毒素。硫磺菌也具有類似作用，把硫磺菌子實體曬干后，放在室內焚燒，可以驅除蚊、蚋、蠓等害蟲。國外用大孢伏草菌制成片劑是一種有特殊用途的生物防治劑，能防止多年層孔菌危害森林。還可使伐木后遺留的樹樁、暗根兩年內清除。許多大型真菌的代謝產物均有重要經濟價值。如云芝，變色多孔菌產生的漆酶能提高生漆的質量，乳菇屬的一些種類能合成橡膠物質，變色多孔菌能使固態褐煤液化，有些菇類則可用于生產助鮮劑，進行藥物的合成和轉化。作為菌類系列產品開發，我國尚處于探索階段，但已展現出菇類栽培業發展的廣闊天地。

    食用菌生產在大農業中的地位越來越重要。特別是進入20世紀后，人口惡性膨脹，帶來了糧食、能源危機，這就喚醒人們對廢物利用的重視，大規模地利用各種廉價的基質和廢物來生產食用菌，通過生物的作用，將粗纖維轉化為人類可以食用的優質蛋白。菇類蛋白質的氨基酸組成比谷物更加全面，賴氨酸含量更高。據聯合國糧農組織的專家調查，僅僅因為谷物中賴氨酸含量不足，使蛋白質的合成失去平衡，在亞洲地區，每年造成的營養損失就相當于231萬噸蛋白質，使45億人身患營養不良癥，7500萬兒童發育滯緩或不滿10歲而夭亡。所以發展菌類生產，也是大農業生產的一個重要生態結構，應放在重要位置上。