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藥噴灑到作物或土壤中，經過一段時間，由于光照、自然降解、雨林、高溫揮發、微生物分解和植物代謝等作用，絕大部分已消失，但還會有微量的農藥殘留。殘留農藥對病、蟲和雜草無效，但對直接或間接用于治療疾病的人卻會造成危害。在農藥使用范圍和使用量不斷擴大的情況下，控制農藥殘留，保證人畜安全、健康，已成為需要解決的問題。那么，如何最大限度地控制農藥殘留呢？
1、合理使用農藥 應根據中藥材收獲物的不同，根據農藥的性質、病蟲草害的發生、發展規律，辯證地施用農藥，力爭以最少的用量獲得最大的防治效果。合理用藥一般應注意以下幾個問題：1.對癥用藥，掌握用藥的關鍵期與最有效的施藥方法；2.注意用藥的濃度與用量，掌握正確的施藥量；3.改進農藥性能，如加入表面活性劑以改善藥液的展著性能；4.合理混用農藥。
2、安全使用農藥 按照《中藥材生產質量管理規范》（ｇａｐ）、《農藥安全使用規定》、《農藥安全使用標準》等規定，預防為主、綜合防治。特別是高毒、高殘留農藥不得用于中藥材上，施用農藥一定在安全間隔期內進行。
3、采取避毒措施 在遭受農藥污染較嚴重的地區，一定時期內不栽種易吸收農藥的作物，可栽培抗病、抗蟲作物新品種，減少農藥的施用。
4、綜合防治 積極開展農業防治、生物防治，實行農作物的合理輪作和倒茬。積極發展高效、低毒、低殘留的農藥品種，禁止使用淘汰的農藥品種。
5、掌握收獲期 杜絕在在安全間隔期內收獲和出售中藥材。各種藥劑因其分解、消失的速度不同，藥材的生長趨勢和季節也不同，因而具有不同的安全間隔期，收獲時該藥材離最后噴藥的時間越遠越好。
6、進行去污處理 對殘留在作物、果蔬表面的農藥可作去污處理。如通過暴曬、清洗等方法，也可減少或去除農藥殘留污染。
