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大蒜莖腐病由核盤菌浸染所致。初期發病病部出現水漬狀病斑，后病斑變暗或呈灰白色。濕度大時，病部變軟，潰瘍腐爛，表面長出白色綿毛狀的菌絲，腐爛部位發出強烈的蒜臭味。葉鞘腐爛后，上部葉片逐漸黃化枯死，大蒜根須、根盤腐爛，蒜頭散開。
一般溫度在20℃左右，相對濕度在85%以上，有利于該病發生。當春季氣溫達到6℃后，菌核陸續萌發，氣溫在14℃左右，形成第一個浸染高峰。發病高峰多在4月下旬。春季雨水多或澆水過勤，膜下相對濕度高，常使病情加重。地勢低洼，排水不良，多年重茬地發病較重。
春季發病初期，一般在3月底至4月初。可用50%速克靈可濕性粉劑1500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，噴霧防治，隔7~10天噴1次，連噴2~3次。
