鹽堿地種稻在施肥上應以增施有機肥為主，適當控制化肥施用量。鹽堿地氮的揮發損失比中性土壤大，深層施肥效果明顯高于淺表施肥。因此，要改進鹽堿地施肥方法，選用顆粒較大的肥料以減少與土壤接觸表面積：改多次表施為80%作基肥或全層施肥，20%作為穗肥表施。

    有機肥中大量的有機質可增加土壤對有害陰陽離子的緩沖能力，有機肥肥效持久不易損失，有利于保苗發根促進生長。

    鹽堿地施用化肥量不宜過多，堿性稻田可選用偏酸性肥料施用，如過磷酸鈣、硫酸銨等：含鹽量較高的稻田可施用中性肥料，以免加重土壤的此生鹽堿化。鹽堿地施用化肥應分次施用，少吃多餐。

    增施磷肥，適當補鋅。磷與土壤酸堿性有密切關系，在ph值6~7.5的范圍內速效態磷較多；ph值大于7.5或小于5.5時速效態磷量明顯降低。鹽堿地種稻淹灌30~50天，土壤ph值由8降低到7.1~7.3，因而有效態磷量增加，但仍低于非鹽堿地土壤淹灌后磷的含量，因此，鹽要增加磷的施用量。鹽堿稻區缺鋅現象較普遍，容易產生稻縮苗，可采用底肥施用或在插秧時蘸根的方法適當補鋅。