有機肥要腐熟后施用因為新鮮的豬牛欄糞、人糞尿、綠肥和農作物秸稈等，施后在腐爛過程中，會產生大量有機酸、氨氣、硫化氫、氮氧化合物等，不僅會危害蔬菜根系，而且逸出土壤的氨氣、氮氧化合物等，積聚在大棚內，會給蔬菜造成毒害。

要因土施肥常用的氯化鉀、硫酸鉀、氯化銨、硫酸銨等，施入土壤后，離解出硫酸根離子、氯離子等被吸收利用很少，在一般菜地、大田施用時，會隨水淋失，減輕弊害。但在大棚內，常被積聚在土壤中，加重酸性土壤的酸化，故酸性土壤不宜施用，可施在堿性土壤上，而鈣鎂磷肥、石灰氮等屬于堿性肥料，不宜在堿性土壤上施用，可施用在酸性土壤上。