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在冬春棚室栽培條件下，由于棚室內通風較差，昆蟲較少，不利于傳粉授粉，容易造成番茄授粉不良，早期溫度較低時不利于坐果，這些都容易引起番茄座果率下降或果實生長發育不良，形成畸形果，產量和品質受到影響。所以，保護地栽培的番茄需要進行人工授粉，以提高產量和品質。其具體操作技巧如下：
在開花初期使用2，4—D、赤霉素和防落素等來提高授粉和座果率。2，4—D只能用于涂花或浸花，使用濃度為10-20毫克/公斤，不能噴霧，不能讓藥液沾到葉片上，否則易引起葉片畸形。番茄靈在每朵花序上有3-4朵花開放時噴灑，濃度為20-50毫克/公斤，每朵花處理一次。番茄開花時，用10-50毫克/公斤的赤霉素噴花，能提高坐果率。
在開花中期，使用防落素噴灑效果好，使用濃度為25-40毫克/公斤。若在藥液中添加適量的微量元素如硼、鋅、銅等，對提高座果率和促進果實膨大效果便佳。使用濃度隨氣溫變化而不同，嚴冬季節使用濃度可酌情加大，但不宜過高，以防出現畸形果。
采用人工振蕩授粉法也能提高番茄座果率、產量和品質。就是在番茄花序開花盛期，振蕩花序進行人工輔助授粉，但要求細心操作，以防植株和花序受傷。此法與使用防落素相比，可顯著提高番茄的座果率和總產量。
